Eläinlääketieteellisten biotieteiden osasto

Eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston (EBIO) henkilöstö työskenteli vuoden 2015 motivoituneesti, aktiivisesti ja edelleen hyvin tuloksellisesti huolimatta henkilöstöresursseihin jo kohdistuneista merkittävistä supistuksista ja yliopiston käynnissä olevan YT-prosessin aiheuttamasta epävarmuudesta. Osaston opettajaresursseihin jo kohdistuneiden säästötoimien vuoksi voimavaroja jouduttiin tutkimuksen kustannuksella suuntaamaan opetuksen hoitamiseen ja turvaamiseen. Tämä näkyi jo jonkin verran julkaisujen vähenemisenä, joskin 100 vertaisarvioitua kansainvälistä ja 32 muuta julkaisua ovat edelleen erittäin hyvä saavutus. EBIO:ssa ohjattiin yhteensä 44 kandidaatti- ja 10 lisensiaattitutkielmaa sekä 14 väitöskirjaa, joista kaksi väitöskirjaohjausta on tehty biotieteelliseen tiedekuntaan, ja neljä väitöskirjaa yhteisohjattu tiedekunnan muihin osastoihin. Osastolla valmistui lisäksi kolme tarttuvien eläintautien erikoistumistutkintoa. EBIO:n kansainvälinen toiminta jatkui monipuolisena. Osaston opettajat ja tutkijat osallistuivat myös aktiivisesti Helsingin yliopiston 375-vuotis- ja eläinlääketieteellisen tiedekunnan 20-vuotisjuhlavuoden tapahtumiin.

EBIO:n vuoden 2015 keskeistä toimintaa ja tapahtumia kuvataan alla oppiaineittain.

EBIO:n tutkimus ja opetus

Anatomia ja kehitysbiologia. Oppiaineen johtajan, professori Antti Iivanaisen, tutkimusryhmän vuosi oli aktiivinen ja menestyksekäs. Yliopistonlehtori Mikael Niku sai Helsingin yliopiston kolmivuotisen tutkimusrahoituksen hankkeelle, jossa selvitetään sikiöaikaisen mikrobiston vaikutuksia immuunijärjestelmän kehitykseen. Tohtorikoulutettava Tiina Salomäki väitteli naudan utaretulehduksesta. Väitöskirjaan liittyvää tutkimustyötä tehtiin yhteistyössä dosentti Pekka Varmasen (maatalous-metsätieteellinen tiedekunta) ja professori emerita Satu Pyörälän ryhmien kanssa. Yliopistonlehtori Juha Laakkonen jatkoi tutkimusyhteistyötään hiirimakeista akatemiaprofessori Jukka Jernvallin kanssa yhteisjulkaisuilla. Laakkosen ohjaamana valmistui myös väitöskirja hiirimakien sukkulamatojen ajallisesta vaihtelusta. Koirien luustosairauksien tutkimus jatkui läheisessä yhteistyössä kliinisen opettajan Anu Lappalaisen sekä professori Hannes Lohen koiragenetiikkaryhmän kanssa. Niku sekä fysiologian oppiaineen ja Hevossairaalan tutkijat julkaisivat tutkimuksen hevosen monokarboksylaattikuljettimista Journal of Veterinary Research -lehdessä. Yliopistonlehtorit Mikael Niku ja Tiina Pessa-Morikawa ylläpitivät tiedekunnan vastuulla olevia tutkimuksen ydinpalveluita: virtaussytometria ja lasermikrodissektio.

Plastinaatiomallit (Juha Laakkonen): ylärivissä koiran takajalka ja kissan keuhkojen ilmatiet, alarivissä koiran sydän ja pää.

Plastinaatiomallit (Juha Laakkonen): ylärivissä koiran takajalka ja kissan keuhkojen ilmatiet, alarivissä koiran sydän ja pää.

Opettajien akatemiasta resursseja opetuksen kehitykseen

Oppiaineen korkeatasoista opetustyötä siivittivät Opettajien akatemian jäsenet Niku ja Laakkonen. Opettajienakatemian varoin järjestetty Toimiva elimistö -opettajien ja kaikkien vuosikurssien opiskelijoiden yhteinen palautetilaisuus tuotti arvokkaita ajatuksia opetuksen kehittämiseksi. Varoja käytettiin myös digitaalisen mikroskopiaopetuksen kehittämiseen, ja tähän liittyen käynnistettiin pedagoginen tutkimus sen vaikutuksista oppimiseen. Plastinaatiomalleja hankittiin lisää pehmytkudosten hahmottamisen helpottamiseksi makroanatomian ja vertailevan anatomian jaksoilla. Ensimmäisen vuoden opiskelijoille suunnattuja naudan palpointiharjoituksia jatkettiin Saaren yksikön opettajien kanssa. Juha Laakkonen esitteli iPadien merkitystä anatomian opetuksen tehostajina leikkelysalityöskentelyssä opetusteknologian kongressissa Madridissa. Niku teki kahden ja puolen kuukauden mittaisen vaihdon Melbournen yliopistoon, perehtyen erityisesti eläinlääketieteelliseen koulutukseen ja tutkimukseen. Niku sai keväällä opiskelijoiden Kannus-palkinnon tunnustuksena inspiroivasta työstä opiskelijoiden hyväksi.

Suomen eläinlääkärilehdessä julkaistiin eläinlääkärikunnalle suunnattu Laakkosen artikkeli ”Kamelieläinten ruoansulatuskanavan erityispiirteet”. Niku jatkoi toimintaansa Yliopisto-lehden kolumnistina, kirjoittaen biotieteiden tilasta Suomessa ja tiedeviestinnän tärkeydestä.

Santeri Suokas aloitti työt biokemian kanssa jaettuna laboratoriomestarina 17.8.2015, oppiaineen pitkäaikaisimman työntekijän, laboratoriomestari Tuire Pankasalon jäätyä eläkkeelle vuoden alussa.

Biokemia ja solubiologia. Oppiaineen johtaja, professori Jyrki Kukkonen osallistui kansallisiin ja kansainvälisiin tutkimus- ja metatutkimushankkeisiin, joiden pääkohteina olivat oreksiini ja oreksiinireseptorit, sekä oli kutsuttuna puhujana tästä aiheesta mm. European Society for Neurochemistry -kokouksessa Tartossa. Yliopistonlehtori Marjo Salminen jatkoi aivojen kehittymiseen liittyvää tutkimustaan, sekä osallistui Kehitysbiologia – Solusta yksilöksi -oppikirjan uudistetun version kirjoittamiseen. Opetuksen saralla oppiaine osallistui mm. Viikin kampuksen biokemian alan yhteistyöprojektiin yhdessä kampuksen muiden tiedekuntien kanssa, ja kehitti omaa opetustaan mm. luentojen nauhoituskokeilun muodossa. Kukkonen osallistui edelleen merkittävällä työpanoksella lääketieteellisten alojen pääsykoetyöhön. Oppiaineen pitkäaikainen tutkimusteknikko Pirjo Puroranta jäi eläkkeelle 31.12. ja Santeri Suokas aloitti Anatomian ja Biokemian yhteisenä laboratoriomestarina 17.8.

Fysiologia. Professori Tomi Tairan tutkimusryhmä jatkoi menestyksellistä tutkimustoimintaansa neurofysiologian alalla. Ryhmä oli mukana kahdessa laajassa yhteistyöprojektissa, joiden tulokset julkaistiin lehdissä: Developmental Cell (impact factor 10) ja Schizophrenia Bulletin (impact factor 8.5). Ensimmäinen työ käsitteli hermosolujen okahaarakkeiden (spine) merkitystä ja muovautumismekanismeja oppimiseen liittyvien synapsimuutosten taustalla, ja jälkimmäisessä raportoitiin ensimmäistä kertaa AMIGO/Kv2.1 kaliumkanavakompleksin yhteys tiettyihin skitsofreniafenotyyppeihin. Taira jatkoi Scandinavian Physiological Society organisaation presidenttinä, ja yhdistys myönsi hänelle 50 000 euron vuosittaisen apurahan v. 2015–17 tukeakseen hänen merkittävää fysiologian alan tutkimustaan. Ryhmän tutkimus on siirtynyt enenevässä määrin yksittäisten synapsien toiminnan luonnehdinnasta hermoverkkotason ilmiöiden ymmärtämiseen aivojen limbisillä alueilla. Tämä on vaatinut huomattavaa panostusta paitsi uusiin cutting edge – tason mittalaitteisiin, myös analyysi- ja mallinnusmenetelmien kehittämistä ja tutkimuskäyttöön ottamista.

Ryhmässä valmistui v.2015 kolme väitöskirjaa (Juuso Juuri, Natalia Luchkina sekä Dina Popova).

Genetiikka. Professori Hannes Lohen johtama oppiaine jatkoi erinomaista työtään yhteensä 18 julkaistun tai julkaisuun lähetetyn tutkimusartikkelin myötä. Oppiaineen ohjauksessa valmistui FM Kaisa Kyöstilän ja yhteisohjauksessa kliinisen tuotantoeläinlääketieteen osaston kanssa FM Heli Venhorannan väitöskirjat. Oppiaineen tutkimukset kuvaavat monipuolisesti läpimurtoja eri perinnöllisten sairauksia geenitaustoista. Tutkimusryhmä kuvasi uuden hermorappeumasairauden geenivirheen yhteistyössä patologian oppiaineen ja kliinisen hevos- ja pieneläinlääketieteen osaston tutkijoiden kanssa (Kyöstilä K et al. PloS Genet 2015). Tämä koirien geenilöytö vaikutti 4-vuotiaan ataksiapotilaan tunnistamiseen Yhdysvalloissa. Muita merkittäviä tutkimuslöytöjä kuvattiin mm. epilepsiaan (Koskinen et al. BMC Genomics, Jokinen T et al. J Vet Intern Med 2015), reumaan (Wilbe et al. Plos Genet 2015), ahdistuneisuushäiriöiden riskitekijöihin (Tiira & Lohi PloS ONE 2015) ja koirien alkuperään liittyen (Wang G-D et al. Cell Research).

Genetiikan oppiaine oli näkyvästi esillä valtakunnan keskeisissä medioissa kuten YLE:n, MTV:n tv- ja radiokanavilla. Lohi osallistui myös Helsingin juhlaviikkojen Art goes kapakka -tapahtumaan Suomen Akatemian kutsumana. Aiemmista vuosista poiketen genetiikan opetuksen oppiaine järjesti yksin ilman maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan antamaa 8 tunnin osuutta. Oppiaine isännöi lukuisia ulkomaisia tutkijavierailuja mm. Tanskasta, Ranskasta ja Yhdysvalloista. Lohi osallistui Suomen Kulttuurisäätiön rahoittamaan Argumenta-hankkeen ”Geneettinen tulevaisuutemme” -tilaisuuksiin puhujana Imatralla ja Oulussa. Vuoden 2015 mieleenpainuviin tapahtumiin liittyi myös tiedekunnan sidosryhmätapahtumien lisäksi upea promootiojuhla, jossa oppiaine isännöi kunniatohtori professori Michel Georgesia (poissaolevana). Professori Lohi toimi myös vastaväittäjänä Utrechtin yliopistossa, Hollannissa.

Mikrobiologia ja epidemiologia. Professori Airi Palvan johtaman oppiaineen eri tutkimusryhmien toiminta jatkui erinomaisesti tuottaen yhteensä 66 vertaisarvioitua kansainvälistä julkaisua ja yhteensä 7 väitöskirjaa, joista omia kolme (Carolin Kolmeder, Heidi Rossow, Eva Tuppurainen) ja neljä muiden oppiaineiden kanssa yhteistyössä ohjattua väitöskirjaa (Anna Knuuttila, Christina Perez Vera, Tuomas Herva ja Ingrid Hang).

Palvan ryhmässä yliopistotutkija Ingemar von Ossowskin, FT Ulla Hynösen ja MSc Xia Yun tutkimus kohdistui Lactobacillus rhamnosus GG:n sekä kahden, sika- ja ihmisperäisen, Lactobacillus ruminis kannan pilus-rakenteiden molekyyli- ja rakennebiologiseen tutkimukseen sekä pilusten roolin selvittämiseen mikrobiadheesiossa isännän epiteelisoluihin ja soluväliproteiineihin. Ryhmä tutkii myös L. ruminis kannan ja sen pilusten vaikutusta luonnollisen immunovasteen muodostumisessa ja suolistopatogeenien tarttumisen ja toiminnan estämisessä. Yliopistonlehtorit Silja Åvall-Jääskeläinen ja Joanna Koort sekä tohtorikoulutettava Ravi Kant tutkivat yhteistyössä Suvi Taposen kanssa mastiittiperäisten koagulaasi-negatiivisten stafylokokkien virulenssiin ja taudinaiheutuskykyyn vaikuttavia geenejä vertailevan genomiikan avulla. Ravi Kant osallistui myös ryhmän muihin (post)genomiikkahankkeisiin. Palva ja Hynönen saivat uuden kolmivuotisen projektirahoituksen Aatos ja Jane Erkon säätiöltä suolistobakteeritutkimukseen.

Palvan ja professori Willem de Vosin yhteistyö jatkui menestyksellisenä de Vosin viimeisenä akatemiaprofessorivuotena. de Vosin ryhmästä väitellyt Carolin Kolmeder tutki metaproteomiikkaa kehittäen ja hyödyntäen suolistomikrobiston funktionaalisuutta ja vuorovaikutusta isännän kanssa. de Vos toimi myös Ingrid Hangin väitöskirjan sivuohjaajana kliinisen hevos- ja pieneläinlääketieteen osastolle. Ryhmän käynnissä oleva viimeinen väitöskirjatyö (Pia Rasinkangas) edistyi myös hyvin. Professori de Vos julkaisi erittäin aktiivisesti useiden kansainvälisten yhteistyötahojensa kanssa ihmisen suolistomikrobistoon ja sen terveysvaikutuksiin liittyvistä aiheista. Vuosi 2015 oli menestyksekäs myös akatemiatutkija Reetta Satokarille ja hänen ryhmälleen sekä PhD François Douillardille, jonka Suomen Akatemian rahoittamana tutkijatohtorikausi päättyi elokuussa.

Professori Olli Vapalahden zoonoosivirusten tutkimusryhmä julkaisi v. 2015 yli 20 vertaisarvioitua artikkelia mm. ebolavirusdiagnostiikasta, arbovirusten ja jyrsijävälitteisten infektioiden epidemiologiasta, villi- ja tuotantoeläinten uusista viruksista, sekä uusista serologisista tunnistustekniikoista. Esimerkiksi puutiaisaivokuumeen riskialueet ja niiden muutokset kartoitettiin, näätäeläimiltä löydettiin uusia parvoviruksia ja kuristajakäärmeistä löydettiin uusi arenavirussuku. Uusilla syväsekvensointitekniikoilla arenaviruksista paljastui myös uudenlainen, ennennäkemätön toimintakyky: saman virusheimon toisistaan keskeisesti poikkeavat viruslajit voivat aiheuttaa samanaikaisen kroonisen infektion. Yhteistyössä professori Hedmanin kanssa ryhmä on edelleen kehittänyt uutta molekyylien lähietäisyydellä tapahtuvaan FRET-ilmiöön perustuvaa, vasta-aineiden pesuvapaata osoitusdiagnostiikkaa, Ryhmä osoitti ensi kertaa tämän toimivan myös kliinisillä näytteillä Puumalavirus-vasta-aineiden osoittamisessa. Eläinlääketieteellisessä tiedekunnassa ryhmästä valmistui Heidi Rossowin (tularemia), Anna Knuuttilan (minkin Aleutian tauti) ja Eeva Tuppuraisen (Lumpy Skin -disease) väitöskirjat sekä Christina Perez Veran väitöskirja (Bartonella), jossa professori Thomas Spillmann kliinisen hevos- ja pieneläinlääketieteen osastolta toimi pääohjaajana. Lääketieteellisessä tiedekunnassa Erika Lindh väitteli suomalaisista lintuinfluenssaviruksista, joita ryhmässä tutkittiin yhteistyöhankkeena Eviran kanssa. Suomen Akatemian rahoittamaa tutkimusprojektia varten ryhmästä tehtiin hyttys- ja pikkunisäkäsmateriaalin keräysmatka Keniaan (mm. Helsingin yliopiston Taitan tutkimusasemalle) ja aloitettiin yhteistyö Nairobin ylipiston KAVI-instituutin kanssa. Ryhmä aloitti myös ebola- ja marburgvirusten diagnostiikan kehitysprojektin EU-IMI-rahoitteisessa tutkimushankkeessa, sekä turkiseläinten tautien ehkäisyyn ja diagnostiikkaan liittyviä hankkeita. Kesäkuussa Vapalahden ryhmä järjesti Sigrid Juséliuksen Säätiön 26. kansainvälisen symposion ”Emerging infections”-otsakkeella Hanasaaren kulttuurikeskuksessa. Säätiö tukee kerran kahdessa vuodessa yhtä, kilpailun kautta valittavaa symposiota. Tapahtumassa oli n. 250 osallistujaa, luennot käsittelivät uusien tartuntatautien syntyä ja leviämistä (mm. ebolaa, MERSiä ja influenssaa) ja luennoitsijat edustivat maailman eturivin tutkijoita (mm. Ron Fouchier, joka on MERS viruksen löytäjä ja tutkinut lintuinfluenssan muuntumista nisäkkäiden välillä tarttuvaksi). Eräänä teemana oli myös ”One Health” – konsepti; ihmisten terveyden ja sairauden yhteys eläinten ja ympäristön tilaan, esim. ihmisen uusien tartuntatautien siirtyminen eläinkunnasta ihmisiin.

Eläintautivirologian professori Liisa Sihvosen tutkijaryhmä keskittyi rabiestutkimukseen sekä kalavirustutkimukseen yhteistyössä Elintarviketurvallisuusvirasto Eviran eläintautivirologian tutkimusyksikön kanssa. Liisa Sihvonen valittiin EFSAn AHAW- tiedepaneeliin kaudelle 2015-2018.

Oppiaineen opetus sujui mallikkaasti, ja saatu opiskelijapalaute oli erityisesti bakteriologian osalta aivan erinomaista. Nettipelejä bakteerien tunnistukseen, taudinpurkausten selvittämiseen ja tilastollisepidemiologisten harjoitustehtävien tekemiseen on edelleen kehitetty yliopistonlehtori Anna-Maija Virtalan Opettajien akatemian jäsenyyden myötä saadulla henkilökohtaisella ja yksikön opetuksen kehittämisrahalla. Apuna tässä ovat tietojenkäsittelytieteen laitoksen opiskelijat Eveliina Pakarinen, Jouko Niinimäki ja Tarja Holopainen, joita varten saatiin myös Fuugin säätiöltä apurahaa. Anna-Maija Virtala sai myös apurahaa tiedekuntarajat ylittävän opetuksen järjestämiseen yhdessä Vesa Niskasen kanssa maatalousekonomian laitokselta. Kvantitatiivisen aineiston keräämistä ja käsittelyä koskevalle kurssikokonaisuudelle tuli osallistujia useista tiedekunnista. Anna-Maija Virtala toimi myös Tuomas Hervan väitöskirjan osa-ohjaajana kliinisen tuotantoeläinlääketieteen osastolle.

Erikoislaboratoriomestari Ulla Viitanen irtisanoutui tehtävästään.

Patologian ja parasitologia. Professori Antti Sukuran johtaman oppiaineen vuoteen toi erityisväriä oppiaineen järjestämä eurooppalaisten (ESVP, ECVP) ja pohjoismaisen (NSVP) eläinlääkäripatologi-järjestöjen yhteinen vuosikokous. Konferenssi pidettiin Marina Congress Centerissä Helsingin Katajanokalla. Oppiaine organisoi yhdessä Eviran patologian yksikön kanssa kansainvälisen sytologiankurssin, joka tarjosi diagnostista koulutusta ja tiedettä koko syyskuun ensimmäisen viikon ajan.  Kokous toi Helsinkiin yli 200 osallistujaa ympäri maailman.

Tieteellisten jatkotutkintojen osalta vuosi oli tuottoisa, ELT Ilona Kareinen ja ELT Anna Knuuttila väittelivät vuoden aikana. Ilona Kareinen teki tutkimustyönsä Wihurin tutkimuskeskuksessa. Anna Knuuttilan tutkimustyö oli yhteistyöprojekti mikrobiologian ja epidemiologian oppiaineen professori Olli Vapalahden tutkimusryhmän kanssa.

Opintojen kehittämiseksi klinikkavaiheen opiskelijoiden rotaatio patologialla alkoi syksyllä. Nyt oppiaineessa opiskelee toisen, kolmannen ja viidennen vuoden opiskelijoita. Kiirettä työvuoteen toi myös diagnostisten näytteiden, erityisesti kirurgisten biopsioiden määrän kasvu.

Vuoden lopussa alkoi Suomen Akatemian FT Sari Tojkanderille myöntämä viisivuotinen akatemiatutkijarahoitus tutkimushankkeeseen ”Soluvälitteiset voimat rintasyövän invaasiossa”.

Vuoteen mahtui myös juhlia ja juhlien valmistelua. Oppiaineen dosentti Anu Näreaho yliairueena ja tohtorit Niina Airas ja Jere Linden toimivat aktiivisesti tohtoripromootiotoimikunnassa. Kesäkuussa toimikunnan työn tuloksista nautittiin ikimuistoisessa eläinlääketieteen neljännessä suomalaisessa akateemisessa tohtoripromootiossa.

Airi Palva
Eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston johtaja
Eläinlääketieteellinen tiedekunta
Helsingin yliopisto