Kuten muuallakin yliopistossa, myös Elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osastolla vuosi oli tavanomaista raskaampi, sillä yliopiston säästöohjelman vuoksi osasto joutui luopumaan kahdesta pitkäaikaisesta työntekijästään sekä osastolla johdetun Ruokaketjun ja terveyden tohtoriohjelman koordinaattorista. Myös toimistotilojen supistaminen ja siitä johtunut muuttoruljanssi sekoittivat hetkeksi osaston arkea ja sihteerien siirtyminen pois osaston yhteydestä pakotti muuttamaan toimintamalleja. Vuoteen mahtui tästä huolimatta myös paljon hyvää: onnistuneita rahoitushakuja, mielenkiintoisia uusia tutkimusavauksia ja –tuloksia sekä aktiivista kansainvälistä yhteistyötä.

Osastolla tuotettiin vuonna 2016 yhteensä 50 vertaisarvioitua tieteellistä julkaisua ja väitöskirjoja valmistui neljä. Professori emerita Marja-Liisa Hänninen vastaanotti Suomen Eläinlääkäriliiton ja Suomen eläinlääketieteen säätiön Topi Salmi – palkinnon, joka myönnetään kunnianosoituksena kansainvälistä ja yhteiskunnallista vaikuttavuutta osoittavasta tutkimustyöstä. Juhlan aihetta antoivat osastolle myös mm. professori Miia Lindströmin ERC-rahoituksen varmistuminen sekä hänelle ja yliopistonlehtori Annamari Heikinheimolle myönnetyt Suomen Akatemian tutkimusrahoitukset.

Miia Lindstömin ryhmä juhli ERC-rahoitusta

 

 

 

 

 

 

Osastolla valmistui 11 eläinlääketieteen kandidaatin- ja 14 lisensiaatintutkielmaa. Kesäkoulussa työskenteli kesän aikana yhteensä 10 innokasta opiskelijaa lisensiaattityönsä parissa, osana tutkimusryhmien toimintaa. Tohtorikoulutuskursseja järjestettiin osaston koordinoimana kaksi. Erikoistuville eläinlääkäreille järjestettiin sekä kaksi keskusteluiltapäivää, joissa keväällä käsiteltiin riskiperusteisuutta valvonnassa ja syksyllä perehdyttiin siipikarjatalouteen valvonnan näkökulmasta. Erikoiseläinlääkäritutkintonsa sai päätökseen yksi elintarviketuotannon hygienian ja kolme ympäristöterveydenhuollon erikoistujaa.

Tutkimusryhmien ja oppiaineiden vuosi 2016

Professori Johanna Björkrothin tutkimusryhmä yhteistyökumppaneineen julkaisi Lactobacillus oligofermentans -pilaajamaitohappobakteerin annotoidun kokogenomisen sekvenssin ja tutki tähän hieman harvinaisemman L. vaccinostercus –ryhmään kuuluvan laktobasillin heksoosi- ja pentoosisokerimetabolian geenisäätelyä. Yllättäen glukoosin (heksoosi) ja xyloosin (pentoosi) transkriptomit muistuttivat toisiaan enemmän kuin xyloosin ja riboosin, jotka ovat molemmat pentooseja. Nämä löydökset poikkeavat merkittävästi aiemmin havaituista heterofermentatiivisten laktobasillien geenisäätelytavoista sillä ne viittaavat tiukan hiilikataboliakontrollin puuttumiseen ja CcpA-välitteiseen glukoosi- ja xyloosimetaboliaan. Tutkimus julkaistiin BMC Genomics -lehdessä.

Professori Maria Fredriksson-Ahomaan johtamassa lihantarkastuksen ja teurastamohygienian oppiaineessa julkaistiin vuonna 2016 yli kymmenen A1-julkaisua, jotka käsittelivät mm. tuotantoeläinten ja lihan välityksellä leviäviä vaaroja ja niiden hallintaa lihantuotantoketjussa. Veterinary Microbiology -lehdessä raportoitiin erittäin harvinaisen Yersinia enterocolitican -bioserotyypin 5/O:(1),2,3 esiintymisestä teuraslampaissa. Yliopistonlehtori Riikka Laukkanen-Ninios käynnisti teurastamoiden eläinsuojeluvalvontaan ja lihantarkastustietojen käytettävyyteen liittyvää tutkimusta.

Lihantarkastuksen ja teurastamohygienian oppiaineen antamassa opetuksessa tapahtui muutoksia: teurastamohygienian opintojakso järjestettiin ensimmäistä kertaa neljännellä vuosikurssilla. Tämän lisäksi lihantarkastuksen opintojaksossa kehitettiin kontaktiopetusta tukevaa verkko-opetusta sekä uudistettiin lihantarkastukseen keskittyvän teurastamoharjoittelun tehtävät ja niiden raportointi.

Yliopistonlehtori Annamari Heikinheimo sai alkuvuodesta rahoituksen Työsuojelurahastolta hankkeeseen, jonka tavoitteena on selvittää eläinlääkärien työperäistä altistumista mikrobilääkkeille vastustuskykyisille zoonoosibakteereille. Tutkimushanke toteutettiin Eläinlääkäripäivillä 2016, jolloin osallistujilta kerättiin mikrobiologisia näytteitä sekä tehtiin kyselytutkimus, jossa selvitettiin osallistujien työhön ja elämäntapoihin liittyviä, bakteerialtistukseen johtavia tekijöitä. Syksyllä Heikinheimon tutkimusryhmä sai Suomen Akatemian kaksivuotisen ’Tutkimuksella eteenpäin’ –kärkihankerahoituksen, jonka aiheena on mikrobilääkeresistenssin torjunta tuotantoeläimillä. Tutkimusryhmä selvittää mikrobilääkkeille resistenttien, zoonoottisten bakteerien esiintymistä elintarvikeketjussa. Hankkeessa tutkitaan laajakirjoisia betalaktamaaseja tuottavia Escherichia coli (ESBL) – sekä metisilliiniresistenttejä Staphylococcus aureus (MRSA) -bakteereita. Tutkimus tehdään yhteistyössä suomalaisen lääke- ja elintarviketeollisuuden, Helsingin yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan sekä Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin (HUS) kanssa.

Professori Hannu Korkealan tutkimusryhmä keskittyi psykrotrofisten ja itiöllisten elintarvikevälitteisten patogeenisten bakteereiden epidemiologian ja stressivasteen selvittämiseen. Ryhmästä väitteli ELL Riina Tolvanen, joka selvitti väitöstutkimuksessaan vaarallisen listerioosin aiheuttajan Listeria monocytogenes –bakteerin tartuntareittejä ruokateollisuudessa. Lisäksi eläinlääkäri Kristi Praaklen väitöskirjan ”Campylobacter and Listeria monocytogenes in poultry products in Estonia” ohjaustyö toteutettiin yhdessä emeritusprofessori Marja-Liisa Hännisen ja professori Mati Roaston kanssa. Hannu Korkeala toimi tieteellisen komitean jäsenenä sekä Dublinissa Irlannissa järjestetyssä FoodMicro 2016 –kongressissa että Berliinissä järjestettävässä FoodMicro2018 -kongressissa. Korkeala on toiminut myös Eviran tieteellisen tutkimuksen neuvoston jäsenenä. Hannu Korkealan johtamassa elintarvikehygienian oppiaineessa jatkettiin edellisenä lukuvuonna käyttöönotettujen verkkotenttien kehittämistä.

Professori Miia Lindströmin ryhmä sai päätökseen Makeran rahoittaman, Eviran Marjaana Hakkisen kanssa tiiviissä yhteistyössä tehdyn raakamaidon tautibakteeririskeihin keskittyvän tutkimushankkeen, jonka loppuseminaari pidettiin Evirassa kesäkuussa noin sadan kiinnostuneen osallistujan kesken. Hankkeen tuloksia on hyödynnetty myös pohjana uuden, raakamaidon myyntiin liittyvän lain työstämisessä. Hankkeessa tutkijoina toimivat tohtorikoulutettavat Hanna Castro ja Anniina Jaakkonen.

Lindströmin ryhmä käynnisti tuotantoeläinten botulismiriskeihin keskittyvän, Makeran rahoittaman EraNet Anihwa –hankkeen ’AniBotNet’ yhdessä kahdeksan muun eurooppalaisen partnerilaboratorion kanssa. Ryhmä vastaa hankkeessa botulinumneurotoksiinituotannon säätelyyn keskittyvästä työpaketista. Hanketta koordinoi Caroline Le Maréchal ranskalaisesta ANSES-tutkimuslaitoksesta. Miia Lindströmille myönnettiin myös Suomen Akatemian rahoitus nelivuotiselle tutkimushankkeelle, jossa selvitetään Clostridium botulinum -bakteerin itiöitymisen ja neurotoksiinituotannon yhteisiä säätelymekanismeja.

Vuoteen kuului myös valmistautumista tammikuussa 2017 käynnistyvään viisivuotiseen ERC-hankkeeseen, käymällä sopimusneuvotteluja Euroopan tutkimusneuvoston kanssa. Ryhmässä aloittivat uudet post doc –tutkijat Francois Douillard ja Katja Selby, sekä tohtorikoulutettavat Inês Portinha ja Heidi Järvimäki, joista jälkimmäinen kuitenkin siirtyi vuodenvaihteessa toisiin tehtäviin. Miia Lindström toimi Hanna Skarinin vastaväittäjänä Uppsalan maatalousyliopistossa (SLU); väitöskirjan aiheena oli tuotantoeläinten botulismi ja siihen liittyvä genomiikka. Lindström toimi lisäksi jäsenenä Madridissa järjestettävän kongressin ’Toxins 2017, Basic Science and Clinical Aspects of Botulinum and Other Neurotoxins’ tieteellisessä komiteassa. Tutkimusryhmän tohtorikoulutettava Hanna Castro sai arvostetun, American Society for Microbiology –seuran myöntämän parhaan posterin palkinnon FinMikPath-symposiumissa Helsingissä.

Yliopistonlehtori Janne Lundénin ryhmä aloitti kolmivuotisen Maa- ja metsätalousministeriön rahoittaman hankkeen koskien Oiva-järjestelmän vaikutuksia elintarvikevalvontaan ja yritysten toimintaan. Oiva-järjestelmä on muuttanut elintarvikevalvonnan käytäntöjä ja hankkeessa tutkitaan mm. valvojien ja toimijoiden riskikäsityksiä ja ratkaisukeskeisen valvonnan haasteita. Hanke toteutetaan yhteistyössä Luonnonvarakeskuksen, maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan ja Turun yliopiston Brahea-keskuksen kanssa.

Valvonnan tutkimusalueen ensimmäiset väitöskirjat valmistuivat syksyllä 2016. OTM, VT Satu Tähkäpään väitöskirjan ohjaus toteutettiin yhteistyössä professori Hannu Korkealan, dosentti Riitta Maijalan ja dosentti Mari Nevaksen kanssa. Lisäksi Mari Nevaksen ryhmästä väitteli tohtorikoulutettava ELL Tiina Läikkö-Roto. Nevaksen ryhmässä aloitettiin myös mikrobilääkkeiden käytön valvontaan liittyvä uusi tutkimushanke yhteistyössä Annamari Heikinheimon ryhmän kanssa.

Valvonnan opetus- ja tutkimushenkilöstöä osallistui CIMO:n rahoittamaan Kiinan ja Suomen väliseen koulutushankkeeseen, jonka puitteissa järjestettiin elintarviketurvallisuuteen liittyvää koulutusta sekä Kiinassa että Suomessa. Kursseilla olivat kouluttamassa yliopistonlehtorit Janne Lundén ja Mari Nevas sekä tohtorikoulutettava Jenni Luukkanen.

Yliopistonlehtori Leena Maunulan johtama virusryhmä julkaisi syksyllä puolustusvoimien kanssa tehdyn yhteistyön tuloksia, jotka koskivat mm. norovirusten esiintymistä varuskuntien sisätilojen pinnoilla. Elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osastolta tutkimukseen osallistuivat myös Satu Oristo ja Maria Rönnqvist (nyk. Evira), puolustusvoimilta mm. Paula Kinnunen (nyk. Evira), Ari Hörman, Ava Sovijärvi ja Simo Nikkari. Tutkimusryhmässä vieraili Erasmus-vaihdon kautta toukokuussa Istanbulin yksityisen Gelisim- yliopiston opettaja Gokce Col tutustumassa elintarvike- ja ympäristövirologisiin menetelmiin. Lisäksi yliopistonlehtori Leena Maunula organisoi maaliskuussa 2016 pohjoismaisen Nova-yliopistoverkoston kurssin, jonka teemana oli elintarvike- ja vesivälitteisesti leviävien patogeenien molekyylidetektiomenetelmät. Kurssille osallistui opiskelijoita Virosta, Tanskasta, Norjasta, Ruotsista ja Suomesta. Kurssilla opettivat Leena Maunulan lisäksi myös prof. Peter Rådström Ruotsista, Gro Johannessen Norjasta ja Finn Kvist Vogensen Tanskasta.

Dosentti Leena Maunulan järjestämän NOVA-kurssin osallistujat

Professori Raimo Pohjanvirran toksikologian tutkimusryhmän AH-reseptorin vaikutuksia analysoivassa projektissa osoitettiin kaikkien tutkittujen tämän reseptorin aktivaattoreiden saavan aikaan välittömän ja vaihtelevan kestoisen uuden ravintoaineen hyljinnän. Tämän havainnon jatkotutkimukset AHR-poistogeenisillä rotilla päästiin myös aloittamaan. Yhteistyöhankkeessa kanadalaisten partnereiden kanssa löydettiin transkriptomiikan ja kantojen herkkyyseroon perustuvan rottamallin avulla neljä maksan geeniä, joilla näyttää olevan merkitystä dioksiinien toksisuuden välittäjinä.

Apulaisprofessori Mirko Rossin ryhmä keskittyi tutkimuksessaan kolmeen pääteemaan: elintarvike- ja vesivälitteisten infektioiden genomitason epidemiologiaan, sovellettuun bioinformatiikkaan sekä isäntä-bakteeri –interaktioon. Vuoden aikana ryhmä julkaisi 7 tieteellistä artikkelia ja yhden katsausartikkelin. ELT Satu Olkkola tarkasteli väitöstutkimuksessaan sioista eristettyjen Campylobacter coli –isolaattien ja koirien Campylobacter upsaliensis -bakteerien streptomysiiniresistenssin geneettisiä mekanismeja; Olkkolan tutkimus auttaa syventämään ymmärrystä kampylobakteerien resistenssimekanismeista. Ohjaajina työssä toimivat emeritaprofessori Marja-Liisa Hänninen sekä apulaisprofessori Mirko Rossi.

EFSAn rahoittama ja Mirko Rossin johtama Innuendo-tutkimushanke on ollut esillä kansainvälisissä kokouksissa ja saanut huomiota muista tutkimuslaitoksista. Projektiin liittyen tuotettiin uusi bioinformatiikkaan liittyvä työkalu bakteerigenomien analysointiin, julkaistiin kaksi artikkelia sekä järjestettiin tohtorikoulutettavien kurssi ’Working with bacterial communities and population’. Tutkimusryhmällä on ollut Innuendon ulkopuolella myös kansainvälistä tutkijayhteistyötä Ghentin yliopiston eläinlääketieteellisen tiedekunnan kanssa liittyen Helicobacter –lajien evoluutioon ja isäntä-bakteeri –interaktioon sekä glykobiologian osalta Ryersonin yliopiston (Toronto, Kanada) kanssa.

Emeritaprofessori Marja-Liisa Hänninen toimi vastaväittäjänä Jyväskylän yliopistossa, MSc Reetta Penttisen väitöksessä, jonka aiheena oli ”Genetic and Environmental Factors Associated with the Virulence of Fish Pathogen Flavobacterium columnare”. Lisäksi Hänninen toimi esitakastajana Helsingin yliopistossa, McS Windi Indra Muziasarin väitöskirjassa ”Impact of Fish Farming on Antibiotic Resistome and Mobile Elements in Baltic Sea Sediment”.

Vaikuttamassa yliopiston ulkopuolella

Professori Johanna Björkroth aloitti kautensa Suomen Akatemian terveyden tutkimuksen toimikunnassa varapuheenjohtajan roolissa. Suomen Akatemia nimesi hänet myös ’ESFRI Health and Food’ -strategiseen työryhmään, jossa hän toimii niin ikään varapuheenjohtajana. Björkroth jatkoi myös tehtäväänsä geenitekniikan lautakunnan puheenjohtajana. Osasto näyttäytyi yhteiskuntaan myös erilaisilla yleisöluennoilla: professori Pohjanvirta piti huhtikuussa Viikissä yleisöluennon Helsingin yliopiston ’Ihme elämä’ –sarjassa otsikolla ’Ravintomme estrogeenit – ystäviä vai vihollisia?’ ja professori Maria Fredriksson-Ahomaa luennoi toukokuussa samassa luentosarjassa aiheesta ’Ihmiset ja eläimet ruoan äärellä’ sekä piti elokuussa esityksen aiheesta ’Yksi terveys -pellolta pöydälle’ korealaiselle toimittajaryhmälle sekä arktisen neuvoston maiden toimittajille. Osasto osallistui EFSAn pääjohtajan Berhard Urlin vierailun järjestämiseen tiedekunnassa lokakuussa ja tähän liittynyttä, yleisölle avointa keskustelutilaisuutta moderoivat professori Miia Lindström sekä yliopistonlehtori Mari Nevas.

Osaston opettajakunta on osallistunut aktiivisesti yhteiskunnalliseen vaikuttamiseen antamalla lausuntoja lakiesityksiin sekä yhteiskunnalliseen keskusteluun Helsingin Sanomien mielipidepalstakirjoituksin. Lisäksi osaston professoreita ja opettajia toimi Suomen Eläinlääkäriliiton valtuuskunnassa ja useissa valiokunnissa sekä mm. Eläinlääkärihygieenikkojen yhdistyksen johtokunnassa sekä Elintarviketieteiden seuran hallituksessa

Osaston virkistäytymistoiminta

Osaston kevätretki suuntautui Korkeasaareen, jossa osaston entinen yliopistonlehtori, eläintarhan johtaja ELT Sanna Hellström piti ryhmällemme eläintarhan esittelyn sekä leikkimielisen kilpailun. Aurinkoinen päivä oli mitä loistavin kiertää saarta ja suorittaa annettuja tehtäviä. Perinteiset pikkujoulut järjestettiin olympialaisten teemalla ja ilmassa oli suuren urheilujuhlan tuntua joukkueiden mitellessä sekä älyä että fyysisiä taitoja vaativissa lajeissa. Voiton tiukassa kisassa vei Hannu Korkealan luotsaama joukkue ’Tough Spores’.

 

Mari Nevas
Elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osaston johtaja
Eläinlääketieteellinen tiedekunta
Helsingin yliopisto