Heikki Waris -instituutin toimintaa ohjaa Pääkaupunkiseudun sosiaalialan osaamiskeskus Soccan neuvottelukunta, johon kuuluvat edustajat
- pääkaupunkiseudun kunnista,
- Helsingin yliopistosta ja
- HUS:n perusterveydenhuollon yksiköstä.
Instituutin tieteellisestä tutkimuksesta, tutkimusperustaisen sosiaalityön asiantuntemuksen kehittämisestä sekä sosiaalityöntekijöiden käytännön opetuksesta vastaa Helsingin yliopiston valtiotieteellinen tiedekunta ja sosiaalityön käytäntötutkimuksen professori sekä yliopistonlehtorit.
Praksis-toiminnalla on oma ohjausrakenteensa.