Sukupuolentutkimuksen tohtoriohjelma on Opetus- ja kulttuuriministeriön ja Suomen Akatemian rahoittama valtakunnallinen tohtoriohjelma. Kaudella 2012–2015 tohtoriohjelmassa ovat mukana Helsingin, Itä-Suomen, Jyväskylän, Lapin, Oulun, Tampereen ja Turun yliopistot sekä Åbo Akademi ja Hanken. Tohtoriohjelman koordinaatioyliopisto on Helsingin yliopisto, ja sitä johtaa akatemiaprofessori Tuija Pulkkinen.

Tohtoriohjelman johtoryhmä koostuu Suomessa sukupuolentutkimuksen tohtorikoulutusta tarjoavien yliopistoiden professoreista. Johtoryhmä toimii myös tohtoriohjelman ohjausryhmänä. Sukupuolentutkimus on dynaaminen ja kasvava ala, joka kattaa myös nais-, queer- ja miestutkimuksen. Oppialan luonteen vuoksi Sukupuolentutkimuksen tohtoriohjelma on lähtökohdiltaan ja kysymyksenasetteluiltaan moni- ja poikkitieteinen.

Tohtoriohjelma on toiminut vuodesta 1995 lähtien, ensimmäiset kolme kautta (1995–2006) Sukupuolijärjestelmä-tutkijakoulun nimellä ja kaudella 2007–2011 Naistutkimuksen valtakunnallisen tohtorikoulun nimellä. Kaudella 2012–2015 ohjelma jatkaa toimintaansa Sukupuolentutkimuksen tohtoriohjelman nimellä.

Kuluvalla kaudella tohtoriohjelman painopisteenä on erityisesti kansainvälinen toiminta ja yhteistyö. Kansainväliseen toimintaan on panostettu kansainvälitymissuunnitelman ja kansainvälistymisapurahan kautta. Tohtoriohjelma tekee myös tiivistä yhteistyötä ruotsalais-kansainvälisen sukupuolentutkimuksen poikkitieteellisen InterGender-tohtorikouluverkoston kanssa.

Valtakunnallinen sukupuolentutkimuksen tohtoriohjelma ei ota enää uusia väitöskirjantekijöitä. Tohtorikoulutus muuttuu vuodesta 2014 lähtien yhä vahvemmin yliopistokohtaisiksi. Lisätietoja tohtorikoulutuksesta löytyy kunkin yliopiston sivuilta.