Elektronisten laboratoriopäiväkirjojen ensimmäinen loikka

Hankkeen tavoitteen oli opettaa opiskelijat elektronisen laboratoriopäiväkirjan (ELN) käyttämiseen. Maisteriohjelmassa suuri osa kursseista on laboratoriokursseja, jotka valmistavat myös pro gradu –työn käytännön toteuttamiseen. Toisena tavoitteena oli tuottaa digitaalista oppimateriaalia opetuksen tueksi erityisesti maisteriohjelmassa, jossa opiskelijat tulevat hyvin erilaisilla taustoilla ja jossa kuitenkin edellytetään tiettyjen perustekniikkojen osaamista laboratoriossa.

Koko budjetti oli suunniteltu käytettäväksi laitteistojen hankkimiseen ja laitteiksi oli suunniteltu Apple iPad pro –laitteita. Projektin vastuuhenkilö vaihtui kesken kauden ja samalla päätettiin hankkia iPadien sijaan kannettavia tietokoneita. Koneeksi valikoitui kosketusnäytöllinen Lenovon X390 YOGA tietokone, jossa pyörivät yliopistolaisten käytössä olevat ohjelmistot ja jota voidaan käyttää monipuolisesti opetuksessa, myös laskentatehtäviin. Koneen omalla kynällä voi piirtää, mikä laboratoriomuistiinpanojen tekemisessä on erinomainen ominaisuus. Samat koneet käyvät myös opetukseen, jossa esim. geenikonstruktien ja kaavojen kirjoittaminen käsin niin että ne tallentuvat, onnistuu.  Koneita hankittiin 19 kpl. Koneista osa (6 kpl) varustettiin Linux-käyttöjärjestelmällä koska totesimme että opiskelijoiden käyttöön tarvittiin koneita, joissa on riittävästi laskentakapasiteettia ja joissa toimii Linux. Tallaisia koneita tarvitaan erityisesti maisteriohjelman bioinformatiikkakursseilla. Koneet saatiin marraskuun alussa 2019.

Elektroninen laboratoriopäiväkirja  -projektissa lähdetään liikkeelle saatavilla olevista ilmaisohjelmista.  Ilmaisohjelmista esim Benchling tai Scinote ovat mahdollisia. Seuraava vaihe on tutustua Benchling –ohjelmiston toimintaan tutkimusryhmässä, jossa tämä ohjemisto on käytössä.  Nyt jo on käynyt ilmi että useat saatavilla olevat elektroniset laboratoriopäiväkirjat (ELN) on suunniteltu rutiinilaboratorioiden käyttöön. Haastattelimme myös tutkijaa, joka oli rakentanut itselleen elektronisen laboratoriopäiväkirjan yliopiston käytössä olevilla ohjelmilla. Hänen mukaansa ELN sopii hyvin laboratorioon, jossa tehtävät toistuvat päivittäin ja työssä käytetään paljon samoja menetelmiä. Kaupallisilla toimijoilla, kuten esim. Perkin Elmerillä on myös 30 päivän ilmaiskäyttöön saatava Signals notebook – ohjelma, joka on projektissa testikäytössä.

Alkuvaiheessa Lenovon kannettavat tietokoneet ovat käytössä niillä opettajille, jota ovat kaivanneet opetukseensa työvälinettä, jolla pystyy laboratoriokurssin vaihtuvissa tilanteissa piirtämään kaavioita, konstrukteja ym. ja muuttamaan niitä tulosten perusteella ja tallettamaan eri versiot. Opettajat testaavat koneiden soveltuvuutta myös kurssilaisten piirtotehtäviin (mikroskooppikuvat, kaaviot, konstruktit jne).

Opetuksessa on jo osottautunut että piirto-ohjelmalla ja digitaalisella kynällä varustettu kone on mainio työkalu sekä laboratoriotöiden esittelyyn että biokemian ja geenitekniikan kokeiden eri vaiheiden kuvaamiseen, kun pelkkä teksti tai piirto-ohjelma osoittautuu hitaaksi ja jäykäksi. Näin aikaansaatuja kuvia on helppo liittää digitaaliseen opetusmateriaaliin. Samalla mahdollisuus visualisoida monimutkainen opetettava asia paranee. Opiskelijakäyttöön koneet pääsevät seuraavalla biokemian laboratoriokurssilla.