Helsingin yliopisto
Osaston johtajana jatkoi professori Tomi Taira.
EBIO:n toiminta-alueelle tai siihen läheisesti liittyen nimitettiin kaksi uutta Helsinki One Health -tenure-professoria: apulaisprofessori Tarja Pääkkönen professuurin alanaan vertaileva sairaustutkimus, sekä apulaisprofessori Tarja Sironen alana uhkaavat infektiotaudit.
Osasto toimii osittain kahdella kampuksella: Viikissä anatomian, fysiologian, biokemian ja patologian oppiaineet, sekä Meilahdessa genetiikka ja mikrobiologia.
Anatomia ja kehitysbiologia.
Oppiaineen johtaja professori Antti Iivanainen ja yliopistonlehtori Mikael Niku jatkoivat suolistomikrobiston ja immuunijärjestelmän varhaiskehityksen tutkimustaan. Tutkimuksesta julkaistiin raportti Scientific Reports -lehdessä ja työtä esiteltiin myös mikrobiologian ja limakalvoimmunologian kansainvälisissä konferensseissa. Yhteistyö Viikin kotieläintieteen osaston, Luken Jokioisten tutkimuskeskuksen sekä Tarton ja Ghentin yliopistojen kanssa on jatkunut hedelmällisenä. Koiran luustosairauksien tutkimusyhteistyötä on jatkettu Hannes Lohen tutkimusryhmän kanssa.
Osana HiLIFE-tutkimusorganisaatiota yliopistonlehtori Tiina Pessa-Morikawa ja Mikael Niku ylläpitivät tiedekunnan vastuulla olevia tutkimuksen core-palveluita: virtaussytometria ja lasermikrodissektio.
Tiina Pessa-Morikawan tutkimusyhteistyön tuloksia Minna Rajamäen tutkimusryhmän kanssa hyväksyttiin julkaistavaksi Journal of Veterinary Internal Medicine -lehdessä.
Yliopistonlehtori Juha Laakkosen makroskooppisen anatomian tutkimusprojekteissa on painottunut opiskelijoiden tekemien lisensiaattitöiden osuus, ja hän on jatkanut pedagogisia tutkimuksiaan selvittämällä opiskelijoiden tietokäsityksiä. Uusi virtuaalimikroskopiajärjestelmä otettiin käyttöön ja siihen liittyvää opetusnäytteiden kokoelmaa laajennettiin. Palvelu toimii pilottina mahdolliselle yliopiston yhteiselle virtuaalimikroskopiapalvelulle. Mikael Niku sai erinomaista palautetta luentojen verkkostriimauksesta ja videoinnista. Luupeli (luupeli.herokuapp.com) – digitaalinen oppimispeli luuston terminologian opiskeluun – toteutettiin yhteistyössä Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitoksen kanssa. Opiskelijat vastasivat pelin ohjelmoinnista ja Tiina Pessa-Morikawa pelin konseptoinnista ja kuvamateriaalin tuottamisesta.
Mikael Niku edusti Viikin kampusta Opettajien akatemian johtokunnassa sekä toimi tiedekuntaneuvoston jäsenenä. Antti Iivanainen toimi eläinlääketieteen kandiohjelman johtajana, tutkimuksen ja tieteellisten jatkotutkintojen toimikunnan jäsenenä, ja tiedekunnan edustajana valintakoetyössä sekä tutkijalääkäriohjelman johtokunnassa.
Santeri Suokas palasi opintovapaalta ja aloitti työnsä anatomian ja kehitysbiologian sekä biokemian ja solubiologian yhteisenä laboratoriomestarina kesäkuussa. Anatomialla hänen vastuullaan on histologian laboratorio. Laboratoriomestari Kirsi Lahti vastasi edellisvuotiseen tapaan oppiaineen tutkimuslaboratoriosta.
Antti Iivanaisen tutkimusryhmä teki yhteistyötä Tarton eläinlääketieteellisen kanssa. Kuvassa Nanbing Qin, Elisabeth Dorbek-Kolin, Tiina Pessa-Morikawa ja Aleksi Husso tarttolaisella nautatilalla.
Biokemia, solubiologia ja genetiikka
Professori Hannes Lohen johtama genetiikan oppiaine yhdistettiin professori Jyrki Kukkosen johtaman biokemian ja solubiologian oppiaineen kanssa yhteiseksi biokemian, solubiologian ja genetiikan oppiaineeksi.
Biokemia ja solubiologia
Oppiaineen esimies Jyrki Kukkonen osallistui tutkimushankkeisiin liittyen oreksiiniin ja oreksiinireseptoreihin ja niihin liittyviin patologioihin. Kevät- ja syyslukukaudella Kukkonen oli opintovapaalla ja hänen opetustaan hoiti dosentti Pirjo Nikula-Ijäs. Kukkonen siirtyi lokakuusta lähtien Helsingin yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan farmakologian professoriksi.
Yliopistonlehtori Marjo Salminen jatkoi aivojen kehityksen tutkimusta Sigrid Juséliuksen säätiöltä saadun rahoituksen avulla keskittyen etenkin selvittämään keski- ja taka-aivojen yksittäisten solujen monimuotoisuutta RNA-profiloinnin avulla yhteistyössä Juha Partasen (HY, bio-ja ympäristötieteellinen tiedekunta) kanssa. Tämän aivoalueen useat tumakkeet säätelevät eläinten käyttäytymistä, mielialaa, muistia ja liikkumista. Tumakkeet sisältävät erilaisia hermosoluja, jotka käyttävät lähinnä gamma-aminovoihappoa tai glutamaattia välittäjäaineena. Näiden hermosolujen erilaistumista ja monimuotoisuuden kehittymistä ei tunneta hyvin eikä niitä tekijöitä, jotka tätä monimuotoisuutta säätelevät. Työn tarkoituksena on ollut selvittää mitä geenejä nämä tumakkeiden hermosolut ilmentävät ja miten niiden monimuotoisuus ohjautuu geneettisesti.
Genetiikka
Genetiikassa jatkettiin erittäin aktiivista toimintaa kansainvälisen yhteistyön merkeissä noin 30 julkaistun tai julkaisuun lähetetyn tutkimusartikkelin myötä. Julkaisut käsittävät monipuolisesti erilaisia kliinisiä ja geneettisiä löytöjä koirien ja kissojen perinnöllisiin sairauksiin. Mukana on myös julkaisuja uusista geenitietokannoista sekä bioinformatiikan ja metabolomiikan työkaluista. Merkittävistä geenilöydöistä mainittakoon koirien lonkkaniveldysplasiaan liittyvät läpimurrot yhteistyössä professori Antti Iivanaisen ryhmän kanssa, airedalenterrierin keuhkosairauteen liittyvä geenilöytö, kääpiösnautsereiden verkkorappeumageeni, saksanpaimenkoirien pelkoon liittyvät geenialueet, karjalankarhukoirien hypofosfatasiageeni ja skotlanninhirvikoirien kaljuusgeeni. Koirien ja kissojen käyttäytymisprojektit etenivät myös hyvin.
ELL Maria Kaukonen väitteli joulukuussa 2019 koirien silmäsairauksien genetiikasta. Oppiaine oli näkyvästi esillä keskeisissä medioissa, mm. YLE ja MTV, ja SEY, Suomen eläinsuojelu ry, myönsi tutkimusryhmälle vuoden eläinsuojelupalkinnon. Professori Lohi kutsuttiin Suomen tiedeseuran jäseneksi. Oppiaine jatkaa genomiikan, transkriptomiikan ja metabolomiikan tutkimuksia ja vuodelta 2020 on odotettavissa merkittäviä läpimurtoja ja myös useiden väitöskirjojen odotetaan valmistuvan.
DoGA-projektin väkeä yhteiskuvassa. Projektin tavoitteena on mm. parantaa koirien perimän karttaa.
Fysiologia
Oppiaineen esimiehen professori Tomi Tairan tutkimusryhmä jatkoi tutkimustoimintaansa neurofysiologian alalla keskittyen kainaattityypin glutamaattireseptoreiden merkitykseen aivojen kehityksellisen plastisiteetin säätelyssä. Ryhmä sai yhteistyökumppaneineen Suomen Akatemialta lähes 800.000 euron projektirahoituksen vuosille 2019-2022 aivojen kehitysfysiologiseen tutkimukseen. Rahoituksen turvin ryhmässä aloitti 2020 tai kaksi uutta post-doc-tutkijaa: Patricia Seja sekä Tatjana Kuznetsova. Yhteistyöprojekteina ryhmä on mm. jatkanut hIPSC (human induced pluripotent stem cell) erilaistettujen neuroneiden ja organoidien käyttöä keskushermoston sairauksien tutkimisessa professori Timo Otonkosken sekä professori Henna Tyynismaan kanssa.
Yhteistyö on jatkunut myös Aalto-yliopiston kanssa koskien nanokuitumateriaalien käyttöä aivosairauksien diagnostiikassa ja hoidossa. Ryhmän tutkimusraportteja julkaistiin Molecular Neurobiology, Neurochemical Research ja Diamonds and Related Materials –lehdissä.
Yliopistonlehtori Tiina Kukko-Lukjanov on vastannut laboratoriomestari Kirsi Kolehmaisen kanssa organotyyppisten aivoleikkeiden sekä soluviljelmien sähköfysiologisista tutkimuksista ja tähän liittyvän laboratorioinfrastruktuurin ylläpidosta. Lisäksi heidän vastuullaan ovat olleet opetukseen liittyvät kurssityöt.
Tutkintorakenteen uudistamistyöhön Taira osallistuu sekä ELL-koulutusohjelman että biotieteellisen tiedekunnan fysiologian ja neurotieteen maisteriohjelman johtoryhmien jäsenenä. Lisäksi Taira on toiminut johtoryhmän jäsenenä Clinical Veterinary Medicine -tohtoriohjelmassa. Taira toimii myös tiedekunnan edustajana (biologia) valtakunnallisessa valintakoetoimikunnassa.
Mikrobiologia ja epidemiologia
Oppiaineen esimiehenä toimi professori Olli Vapalahti.
Olli Vapalahden, apulaisprofessori Tarja Sirosen ja dosentti Eili Huhtamon ryhmä tutkii uusia ja uhkaavia infektioita, erityisesti jyrsijöiden ja lepakoiden välittämiä virusinfektioita, sekä niveljalkaisten levittämiä viruksia, eli arboviruksia. Ryhmä osallistui eläinlääketieteellisen virologian opetukseen, jossa Olli Vapalahti on vastuuopettaja. Ryhmän tutkijat vierailivat Nairobin yliopistossa ja Helsingin yliopiston tutkimusasema Taitalla Keniassa tammi-helmikuussa 2019. Ryhmä oli myös järjestämässä eurooppalaista viruszoonoosien kokousta St. Raphaelissa, Ranskassa, syys-lokakuun vaihteessa.
Julkaisuja kertyi vuonna 2019 parikymmentä: mm. Emerging Infectious Diseases – lehdessä julkaisu uuden Bombali-ebolaviruslajin löytymisestä kenialaisista lepakoista (Forbes, EID 2019) – tutkimuksessa ei ilmennyt kuitenkaan näyttöä infektioista ihmisillä. Tässä projektissa työskentelevät Tarja Sirosen johdolla Ilkka Kivistö ja Lauri Kareinen sekä vieraileva väitöskirjatyöntekijä Joseph Ogola.
Luonnosta ja kansalaiskeräyksellä kootusta puutiaisaineistosta koottu geneettinen analyysi puutiaisaivokuumeen esiintymisestä pääkaupunkiseudulla osoitti, että virus on tullut tänne todennäköisesti vuosikymmeniä sitten erillisinä tuontitapauksina muuttolintujen mukana, mutta hieman lisääntynyt viime vuosina (Smura, EMI 2019).
Syväsekvensoinnin ja bioinformatiikan keinoin löydettiin myös uusi, Kiinassa ihmispatogeeniksi osoitettu punkkivälitteinen Alongshan-virus Euroopasta – Kotkan saaristosta (Kuivanen, Eurosurveillance 2019). Ryhmä on edelleen selvittänyt eläinpatogeenien genetiikkaa, evoluutioita ja epidemiologiaa ja mm. tutkinut Streptococcus halichoerin kokogenomeja yhteistyössä Merja Rantalan kanssa ja osana Kirsi Aaltosen väitöskirjaprojektia (Aaltonen 2020). Tarja Sirosen johdolla tutkitaan myös potentiaalista kettujen parvorokotetta (Anna-Maria Moisander-Jylhä) sekä AMDV-infektion toleranssimekanismeja (Jenni Virtanen).
Eili Huhtamon johdolla tutkittiin hyttysvälitteisiä viruksia Suomessa ja Keniassa kerätyistä hyttys- ja potilasaineistoista. Näissä projekteissa työskentelivät tutkijatohtori Essi Korhonen, tohtorikoulutettava FM Ruut Uusitalo, sekä mikrobiologian maisteriopiskelija Maija Suvanto. Maija Suvannon gradutyössä eristettiin ja analysoitiin kesän 2018 Sindbis-viruskantoja, ja tuloksia esiteltiin loppukeväästä European Congress of Virology -kokouksessa Rotterdamissa, Hollannissa. Kesäkaudella 2019 kerättiin uutta hyttysaineistoa Pohjanmaalla ja Helsingissä. Essi Korhonen ja Eili Huhtamo vierailivat syyskuussa yhteistyölaboratoriossa Novarassa Italiassa. Vuoden 2019 aikana myös tutkittiin yhteistyössä Nairobin yliopiston kanssa Keniassa kerättyjä kuumepotilaiden näytteitä. Paljastui, että denguevirus serotyyppi 2 (DENV-2) aiheutti kuumetautitapauksia Kenian syrjäseudun asukkaissa, alueilla, joilla ei tiedetty dengueta esiintyvän. Virus eristettiin potilasnäytteistä, ja sen molekyyliepidemiologinen analyysi paljasti viruksen olevan intialaista alkuperää (Masika, PNTD 2020).
Yliopistonlehtori Sami Junnikkalan tutkimus on kohdistunut sikojen immunologiaan ja hyvinvointiin, yhteistyönä Saaren yksikön sikatutkijoiden ja teollisuuden kanssa. Ohjattavista Shah Hasan väitteli tutkimuksista aiheenaan ’Challenges of hyperprolificacy in the pig: colostrum and microbiota’, kaksi tutkimuksista julkaistiin syksyllä 2019. Ohjaavan opettajan toimessaan Sami Junnikkala osallistui aktiivisesti tiedekunnan EAEVE-arviointiin, yliopiston uuden opiskelijan ohjausmallin suunnitteluun sekä vastuuopettajana laajennettavan ’Oppimassa eläinlääkäriksi’ -opintojakson kehittämiseen.
Yksikön Capnocytophaga spp -bakteerin epidemiologinen ja molekyyliepidemiologinen tutkimus -projektissa työskentelevät yliopistonlehtorit Joanna Koort, Silja Åvall-Jääskeläinen ja Anna-Maija Virtala sekä tohtorikoulutettava ELL Kristiina Suominen. Projektissa on yhteistyökumppanina THL, Terveyden ja hyvinvoinnin laitos.
Virtala, Koort ja Åvall-Jääskeläinen ovat vetäneet ns. tutkielmatyöpajaa ja sen kautta olleet mukana ohjaamassa useita lisensiaatintutkielmia, ja Virtala on ollut mukana kahdessa Opettajien Akatemian projektissa: ohjaajien kokemat tunteet arviointiprosessissa, josta on valmistunut jo yksi tieteellinen artikkeli, ja tieteidenvälisten tutkielmien arviointi, josta on tehty kyselytutkimus ja jonka artikkeli on analysointi- ja kirjoitusvaiheessa. Virtala on myös osallistunut tohtorikoulutettavien opetukseen sekä biostatististen ja epidemiologisten menetelmien seminaarisarjan kautta että erillisillä tutkijakoulujen kursseilla.
Patologian ja parasitologia
Oppiaineen johtajana toimi professori Antti Sukura.
Eläinlääkäri Hanna-Kaisa Sihvo, ELT, Dipl ECVP, väitteli eläinlääketieteen tohtoriksi tammikuussa 2019. Väitöstutkimus oli yhteistyöhanke maa- ja metsätaloustieteellisen tiedekunnan emeritus professori Eero Puolanteen johtaman tutkimusryhmän kanssa ja käsitteli broilereiden ”puurinta”-syndroomaa.
Patologian opettajakunnan pätevyydet lisääntyivät, kun Karoliina Hagner suoritti loppuun tarttuvien eläintautien erikoiseläinlääkärin tutkinnon.
Parasitologian toiminnoista vastannut yliopistonlehtori dosentti Anu Näreaho oli vuoden 2019 työstä vapautettuna ja hänen sijaisenaan toimi dosentti Antti Lavikainen. Histologian laboratoriosta Sara Kotka ja Karoliina Jurvelin siirtyivät jatkamaan opintojaan, Sara eläinlääkäriksi ja Karoliina Tampereelle insinöörinoppiin. Heidän tilalleen tulivat histologian taitajat Laura Vähälä ja Taneli Lohilahti. Kesään toi kirjaimellisesti nuorekkaan tuulahduksen kesäkandimme Tuuli Wahlström ja kansainvälisyyttä italialainen harjoittelijamme Gianfilippo Agliani. Syksyllä opettaja/patologi/tutkija -tiimissä aloitti eläinlääkäri Minna Söderström. Kiitokset kaikille muihin tehtäviin siirtyneille antamastanne hienosta panoksesta oppiaineen töihin!
Tuotantoeläinpatologiasta erityistä vastuuta kantava yliopistonlehtori ELT Heli Nordgren valmisteli vuoden aikana menestyksellisen Lykky hankkeen Makera –hakuun. koskien suomalaisten lypsylehmien kuolleisuutta. Hanke on yhteistyöprojekti kliinisen tuotantoeläinlääketieteen osaston professori Päivi Rajala-Schulzin kanssa.
Diagnostiikkatyö jatkui vilkkaana. Laboratoriossa tehtiin uusi kudosnäytteiden valuennätys, pitkälti yli 10 000 paraffiiniblokkia. Jokainen blokki päätyy patologin tai tukijan mikroskoopin alle joko diagnostiikassa tai tutkimuksessa. Näytteistä valtaosa oli diagnostisia. Tutkimustyössä oppiaine kartutti tiedekunnan kansainvälisiä julkaisuja tehtävänsä mukaisesti parasitologian ja patologian alalla.
Tiedekunnan muiden opettajien ohella myös oppiaineen opettajille toi lisäaskaretta syksyinen koulutuksen ESEVT-arviointi. Tätä varten kerättiin dataa ja vierailijatiimi haastatteli oppiaineen henkilökunta lukuisissa eri rooleissa. Tiedekunnan koulutuksen saama akreditointi ilahdutti kaikkia. Vuosittaiset opiskelijapalautteet oppiaineesta on olleet palkitsevaa luettavaa. Panostuksemme opetuksen kehittämisen on tuottanut hyvää tulosta ja täyttää kaikki EU:n eläinlääkäreiden koulutukselle asettamat vaatimukset.
Oppianeen tapoihin on kuulunut perjantaipäivän suklaalevy kahvion pöydällä. Myös pikkujouluissa pantiin suu makeaksi ja aloitettiin juhlat käymällä ekskursiolla Fazerin vierailukeskuksessa Vantaalla.
Tomi Taira
Eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston johtaja
Eläinlääketieteellinen tiedekunta
Helsingin yliopisto