Den första tanken på en komplett utgåva av Sibelius verk framkastades redan i samband med tonsättarens 100-årsjubileum år 1965. Då fanns ännu inte praktiska förutsättningar för att förverkliga projektet bl.a. därför att Sibelius-forskningen bara var i sin linda och kunskapen om verkens källor var smal. En komplett utgåva behövdes, för i de tryckta utgåvorna fanns talrika fel, en del var slutsålda, och många verk var otryckta. Tanken på en komplett utgåva återuppstod 1987, då situationen hade förändrats: Nationalbiblioteket hade erhållit tonsättarens manuskriptsamling som en donation av släkten (1982), Fabian Dahlströms uppdaterade verkförteckning hade utkommit (1987) och Erik Tawaststjernas Sibelius-biografi var på slutrakan.

Kari Kilpeläinens katalog över samlingen av Sibelius manuskript vid Nationalbiblioteket utkom år 1991 och publicerades av det tyska förlaget Breitkopf & Härtel (B&H), som är den centrala förläggaren av Sibelius verk. B&H blev också intresserat av förlägga den kompletta utgåvan. Utgivare blev Nationalbiblioteket, som hade den största samlingen av de nödvändiga källorna för publiceringsarbetet liksom även den knowhow som hänförde sig till den. Som andra utgivare ingick Sibelius-Samfundet rf i Finland, i vars styrelse flere musiksamfund var representerade.

I december 1991 grundades för projektet en publiceringskommitté, som vände sig till undervisningsministeriet med finansieringsfrågorna och inledde förhandlingarna med B&H om förverkligandet av projektet. Man var också tvungen att vända sig till flera andra av rättsinnehavarna till Sibelius verk, för förverkligandet av projektet förutsatte en överenskommelse där B&H också skulle ha rätt att publicera de verk, vars rättigheter dessa övriga ägde. Många olika förhandlingar och utredningar tog sin tid, vilket gjorde att projektet kunde igångsättas först 1996. Då upplöstes publiceringskommittén och projektet inrättade en egentlig redaktionskommitté med professor Esko Häkli som ordförande. Till huvudredaktör för projektet utsågs prof. emer. Fabian Dahlström. Därutöver fick projektet ett redaktionsråd av sakkunniga med huvudredaktören som ordförande. Den första redaktören FM Jukka Tiilikainen inledde sitt arbete 1.2.1996, men officiellt utlystes projektet först 14.5. då redaktionsprinciperna, tidtabellsfrågorna, bandens publiceringsplan samt problemen som hänförde sig till notskrivningen preliminärt hade lösts. Det första bandet utkom två år senare (1998).

Redaktionsarbetet fortskred under projektets första år med två anställda och en redaktör på arvodesbas. År 2000 engagerades som forskare prof. Glenda Dawn Goss, som också efterträdde Fabian Dahlström som huvudredaktör under åren 2000–2004. Sedan år 2004 har MusD Timo Virtanen fungerat som huvudredaktör, först som tf. och sedan ordinarie. Sedan 2006 har redaktionen bestått av två heltids- samt två eller tre deltidsanställda redaktörer samt av två redaktörer på arvodesbas. Därutöver har projektet sedan starten sysselsatt både korrekturläsare och språkgranskare.

Den långa och betydelsefulla insats som Esko Häkli hade gjort redan i projektets planeringsskede och i dess igångsättande ävensom hans period som ordförande för redaktionskommittén avslutades i och med år 2019. Fr.o.m. början av år 2020 verkar som hans efterträdare på ordförandeposten prof. Gustav Djupsjöbacka, som sedan 2005 varit medlem av redaktionskommittén. Såväl i redaktionskommitténs som redaktionsrådets sammansättning har under årens lopp smärre förändringar skett. Projektet drabbades 2002 av en förlust då redaktionskommitténs medlem prof. Erkki Salmenhaara avled efter en plötslig sjukdomsattack, och år 2018, då redaktionsrådets medlem, lektor Risto Väisänen likaså plötsligt avled efter en sjukdomsattack.

Projektets forskare har presenterat frågor kring redaktionsarbetet på internationella konferenser och publicerat artiklar i internationella musikforskningstidskrifter. År 2007 organiserade projektet ett symposium vid Sibelius-Akademin, som fokuserade på specialfrågor kring de pågående kritiska editionsarbetena med både Brahms’ och Sibelius’ sammelutgåvor. Projektet hade också en central roll vid förberedandet av Sibelius-festårets  utställning i Nationalmuséet år 2015 i samarbete med Nationalarkivet och Nationalbiblioteket.