Synergiat kestävään, avoimeen ja vastuulliseen tutkimukseen: Open Science Fair 2019

Noin 400 avoimen tieteen toimijaa kokoontui syyskuussa Portugalin Portoon Douro-joen partaalle konferenssikeskuksena toimivaan historialliseen tullirakennukseen. Kokouksen teema Synergies for Sustainable, Open and Responsible Research nosti esiin avoimen tieteen kentän lukuisten toimijoiden yhteistyöstä syntyvän synergian.

Open Science Fair -tapahtuman järjesti yhdessä neljä eurooppalaista avoimen tieteen hanketta: OpenAIRE, FIT4RRI, EOSC Secreretariat ja FAIRsFAIR.

 

 

Konferenssiohjelma koostui perinteisistä Keynote-puheenvuoroista, rinnakkaisista tiettyyn teemaan keskittyvistä työpajoista ja noin 50 posteria sisältäneestä posterisessiosta. Kolmantena päivänä ohjelmaan sisältyi myös kiinnostava demosessio, jossa demojen esittelijöillä oli kaksi minuuttia aikaa vakuuttaa kuulijat, että demoon kannattaa tutustua tarkemmin. Näihin olisi mielellään perehtynyt pidempäänkin, mutta käytännössä vain muutamaan niistä ehti tutustua demoille varatussa ajassa.

Demoista mieleen jäi erityisesti ranskalainen Dissem.in -palvelu, jonka tavoitteena on sujuvoittaa rinnakkaistallennusta julkaisuarkistoon. Toinen lupaavalta vaikuttanut demo oli taulukkomuotoisen tutkimusdatan anonymisointiin tarkoitettu Amnesia-työkalu, jota on kehitetty OpenAIREn puitteissa. Mielenkiintoisia olivat myös demot, joissa esiteltiin työkaluja tutkimusaineistojen metatietojen rikastamiseen, esimerkiksi affiliaatiotiedolla. Nämä, kuten monet muutkin kehitteillä olevat palvelut ja sovellukset, ovat vielä beta-vaiheessa, mutta niiden kehitystä kannattaa seurata.

Kokouksen viimeisenä päivänä oli vuorossa Plan S -paneeli, jossa selvitettiin hankkeen etenemissuunnitelmaa ja korostettiin myös julkaisuarkistojen merkitystä, vaikka ne jäivätkin Plan S:n alkuvaiheessa vähemmälle  huomiolle.

Open Science Fair -konferenssin:

Näkymä Douro-joelle
Open Science Fair 2019-tapahtuma järjestettiin Douro-joen varrella Portossa.
Kokoussali Alfandega do Porto Congress Center -tiloissa
Alfandega do Porto Congress Center oli Open Science Fair 2019 tapahtumapaikka. Kongressikeskus on rakennettu vanhaan tullirakennukseen, joka on yksi Porton maamerkkejä.

OpenAIREn kuulumisia Debrecenistä: EOSC, palvelut ja pysyvä organisaatio

OpenAIREn vuosikokous Unkarin Debrecenissä keskittyi pääosin kahteen aiheeseen: OpenAIREn palveluiden esittelyyn kaikille projektissa toimiville osapuolille ja OpenAIREn pysyvän organisaation järjestäytymiseen. Lisäksi kokouksessa esiteltiin European Open Cloud -hanketta. Tässä blogikirjoituksessa käsitellään näitä teemoja lyhyesti.

OpenAIRE General Assembly järjestettiin Unkarissa. Isäntänä toimi Debrecenin yliopisto. Kuvassa yliopiston päärakennus. Kuva: Pauli Assinen

OpenAIRE ja European Open Science Cloud (EOSC)

OpenAIRE osallistuu EOSC:n toimintaa monella tasolla. OpenAIRE:lla on edustaja EOSC Executive Board:ssa, jonka tehtävänä on ohjata EOSC:n kehittämistä sekä valmistella suosituksia EOSC:n hallinta-, toiminta- ja rahoitusmalleiksi vuoden 2020 jälkeiselle ajalle. Yhdessä eInfraCentral -, EOSC-hub – ja EOSCpilot -projektien kanssa OpenAIRE kehittää ja ylläpitää EOSC Portal -sivustoa ja on yksi EOSC:in palvelujen tuottajista.

Avoimen tieteen palvelut OpenAIREssa

OpenAIREn hakukäyttöliittymä  avoimen, linkitetyn tiedon löytämiseen
https://explore.openaire.eu

OpenAIREn hakuportaali tarjoaa pääsyn tutkimuksen sisältöihin. Se perustuu palvelun taustalle rakennettuun avoimeen tieteellisen viestinnän graafiin, josta tarkemmin tuonnempana. Haku- ja selaustoimintojen lisäksi OpenAIRE-portaali tarjoaa käyttäjälle keinon löytää soveltuva julkaisuarkisto tai datapalvelu oman julkaisun tai tutkimusdatan tallennukseen. Lisäksi käyttäjä voi portaalin avulla linkittää tutkimustulokset rahoitukseen ja projekteihin sekä tuottaa raportteja ja graafisia visualisointeja esimerkiksi projektin tai laitoksen tutkimustuloksista. Tämä palvelu on tuotantokäytössä.

Amnesia: data-aineiston anonymisointi
https://amnesia.openaire.eu

Amnesia tarjoaa tutkijalle välineen sensitiivisen datan anonymisointiin, jotta aineisto voidaan jakaa laajalle yleisölle. Käyttäjä ohjaa anonymisoinnin toteutusta ja valitsee joustavan vaihtoehdon vahvan yksityisyyden suojan ja aineiston käytettävyyden väliltä. Palvelu on tarkoitettu taulukkomuotoisen datan anonymisointiin. Ohjelmiston voi ladata omalle koneelle, ja sitä voi myös kokeilla web-liitymän kautta. Ohjelmisto löytää myös anonymisoitujen aineistojen versioita, jotka on tallennettu Zenodo-palveluun. Palvelu on teknisesti valmis, ja sen käytttönotto on beta-vaiheessa.

Zenodo: yleiskäyttöinen datapalvelu
https://zenodo.org

Zenodo on kaikille tieteenaloille soveltuva  avoin digitaalinen arkisto, jonka avulla tutkijat, projektit ja organisaatiot voivat jakaa, säilyttää ja esitellä monimuotoisia tutkimustuloksia (dataa, ohjelmistoja ja julkaisuja). Palvelu soveltuu erityisesti aineistoille, joille ei löydy avointa tallennuspaikkaa muista palveluista. Zenodoa yläpitää CERNin datakeskus. Palvelu on tuotantokäytössä.

OpenAIREn graafi: Avoin, linkitetty tutkimus
http://develop.openaire.eu

OpenAIREn haravointipalvelu rakentaa tutkimustiedon välittämisen graafia keräämällä metatietoja tiedontuottajilta, rikastamalla tietoja tekstinlouhinnan ja päättelyn avulla sekä keräämällä tietoa käyttäjiltä. Palvelun tuottama graafi on käytettävissä erilaisten rapintojen kautta, esimerkiksi OAI-PMH, HTTP API, Linked Open Data, SPARQL endpoint. Graafi koostetaan kahdesti kuussa keräämällä metatietoja OpenAIREn euroooppalaisen ja globaalin verkoston tiedontuottajilta. Sen jälkeen tiedot normalisoidaan ja muunnetaan graafin käyttämään muotoon. Tämä palvelu on tuotantokäytössä.

OpenAIREn ohjausnäkymä tutkimusrahoittajille
https://monitor.openaire.eu/

 

 

Tutkimusrahoittajille suunnattu ohjausnäkymä (dashboard) perustuu OpenAIREn graafiin ja tarjoaa seuranta- ja raportointivälineet, joiden avulla rahoittajien ja tiedepolitiikan päättäjien on mahdollista seurata rahoitetun tutkimuksen tuloksia. Palvelun avulla voidaan myös visualisoida tutkimuksen tuotoksia. Palvelu on tuotantokäytössä.

 

OpenAIREn päättely: tekstin- ja datanlouhintaa tiedejulkaisemisen tarpeisiin

Tämä palvelu suorittaa tekstin louhintaa ja käsitteiden tunnistusta julkaisujen metatietojen ja kokotekstin perusteella. Se löytää linkkejä projekteihin, rahoitustietoihin ja tutkimusrahoittajiin sekä linkkejä dataviittauksiin tai data-arkistoihin. Palvelu tunnistaa myös viittaukset ohjelmistoihin, kirjoittajien taustaorganisaatioihin ja lähdekirjallisuuteen. Lisäksi palvelu luokittaa julkaisut erilaisten taksonomioiden perusteella. Palvelun lopputulos on nähtävillä OpenAIRE-portaalissa. Palvelu on tuotantokäytössä.

OpenAIREn tutkimusanalytiikka: Aihealueiden tunnistus ja mallinnus

Palvelu tunnistaa ja merkitsee aiheenmukaisesti laajoja julkaisuaineistojen kokonaisuuksia. Näitä aihealueita hyödynnetään julkaisujen linkittämisessä muihin tietoihin, esimerkiksi tekijöihin, rahoitukseen ja lehtiin. Palvelu analysoi tekstitietoa (tiivistelmät, kokoteksti), julkaisuun liittyvää tietoa (viittaukset, tekijäverkosto) ja muita taustatietoja (tekijät, julkaisukanavat, rahoitus) mahdollisesti yhdistäen näitä tietoja luokituksiin (ACM CCS, MeSH). Näiden tietojen perusteella aineistoa ryhmitellään ja näytetään aiheenmukaisissa kokonaisuuksissa. Palvelun käyttöönotto on beta-vaiheessa.

OpenAIREn  ohjausnäkymä tiedontuottajille
https://provide.openaire.eu

OpenAIREn tiedontuottajille tarkoitettu ohjausnäkymä (dashboard) on verkkopalvelu, jonka kautta tiedontuottajat ovat yhteydessä OpenAIREen. Tiedontuottajia ovat julkaisuarkistot, data-arkistot ja tutkimustietojärjestelmät. Palvelu tarjoaa käyttöliittymän moniin OpenAIREn taustapalveluihin:

  1. Rekisteröinti – tietolähteiden tarkistus ja validointi OpenAIREn metatietosuositusten kannalta. Tiedontuottajan rekisteröinti, julkaisujen kokotekstilinkit tekstin- ja datanlouhintaa varten, julkaisuarkiston validointihistoria, haravoinnin tila.
  2. Metatietojen rikastaminen – ilmoitusten tilaaminen julkaisuarkiston metatietojen rikastamista varten käyttäen OpenAIRE Broker -palvelua.
  3. Seuranta ja arviointi – käyttäjätilastoinnin tilaaminen,  julkaisuarkiston yhdistetyn ja puhdistetun käyttötilaston seuranta.

    Tekninen tuki OpenAIRE-yhteentoimivuudelle: OpenAIREn ohjeet tiedontuottajille

OpenAIREn ohjeet tiedontuottajille koostuvat joukosta sovellusprofiileja, jotka antavat tiedontuottajille mahdollisuuden saada tutkimuksen tuotokset näkyviin OpenAIREn palvelussa. Nämä sovellusprofiilit perustuvat laajassa käytössä oleviin metatieto- ja tiedonsiirtostandardeihin. Vaikka jokainen profiili keskittyy omaan käyttötarkoitukseensa, niitä voidaan linkittää keskenään, ja niiden avulla tutkimuksen tuotoksia voidaan kuvailla ja liittää asianmukaisiin yhteyksiin.

OpenAIRE validointipalvelu

Tämä palvelu tekee laaduntarkistuksia koskien haravointiprotokollan toteutusta (OAI-PMH) ja metatietojen yhtenevyyttä tietyn skeeman suhteen. Kyseessä on sääntöpohjainen sovellus, joka tarjoaa ylläpitäjälle halintaliittymän. Sen avulla voi tehdä hienosäätöä tarkistettavien sääntöjen suhteen. Tämän palvelun avulla OpenAIRE tarkistaa ja vahvistaa kaikkien tiedontuottajien yhteentoimivuuden.

OpenAIREn välittäjä: julkaisujen  ilmoituspalvelu

Välityspalvelu tukee metatietojen ja julkaisujen vaihtoa julkaisuarkistojen, kustantajien ja julkaisutietoja kokoavien palvelujen kesken. Sen avulla julkaisuarkistot voivat myös rikastaa omia metatietojaan.  Kyseessä on ilmoituspalvelu, jonka voi tilata. Palvelu perustuu OpenAIREn graafiin, joka on yhtenäistetty, rikastettu, linkitetty ja avoin tieteellisen tiedonvälityksen verkko. Julkaisuarkistojen ylläpitäjät tilaavat  ilmoituksia heitä kiinnostavista tapahtumista käyttäen OpenAIREn tiedontuottajan ohjausnäkymän verkkopalvelua. Palvelun käytöönotto on beta-vaiheessa.

OpenAIREn käyttötilastot

Palvelu seuraa, kokoaa ja analysoi käyttötietoja OpenAIREn tiedontuottajaverkostosta. Se hyödyntää käyttöä kuvaavaa metriikkaa, kuten latausmääriä ja metatietojen katsomista. Käyttötietojen seurantaan käytetään avoimen lähdekoodin Matomo-alustaa. Tämän lisäksi käyttötietoja voidaan kerätä SUSHI-Lite -yhteensopivista lähteistä. Analyysi soveltaa COUNTER-määritystä ja huomioi robots.txt-tiedostojen asetukset. Palvelu yhdistää samaa kohdetta koskevat käyttötilastot. Palvelun käyttöönotto on beta-vaiheessa.

Tutkimusyhteisön ohjausnäkymä
https://connect.openaire.eu/

Tutkimusyhteisön ohjausnäkymä OpenAIRE Connect on virtuaalinen ympäristö, jossa tutkijat voivat jakaa ja linkittää tutkimuksen tuotoksia, esimerkiksi julkaisuja, data-aineistoja, ohjelmistoja oman tieteenalansa näkökulmasta. Sen avulla voidaan koota keskeiset aineistot yhteen paikkaan, jossa tutkimusyhteisön edistymistä voi seurata. Palvelun käyttöönotto on beta-vaiheessa.

OpenAIREn avoin linkitys: ScholeXplorer
http://scholexplorer.openaire.eu/

ScholeXplorer-palvelu muodostaa graafin, joka kuvaa data-aineistojen ja julkaisujen välisiä suhteita sekä data-aineistojen keskinäisiä suhteita. Palvelu antaa myös pääsyn tähän graafiin. Kohteet ja niiden väliset suhteet määräytyvät julkaisutietojen tuottajien (esim. CrossRef), data-arkistojen (esim. DataCite) ja muiden digitaalisten arkistojen julkaisemien tietojen pohjalta. Palvelu kokoaa linkkejä, jotka on ilmaistu Scholix-formaatissa ja tarjoaa ohjelmointirajapinnan (API), jonka avulla kolmansien osapuolien on mahdollista hakea ja tarjota linkkejä tähän graafiin. Palvelu on tuotantokäytössä.

Yliopiston päärakennuksen juhlasalia koristavat upeat lasimaalaukset. Kuva: Pauli Assinen

OpenAIRE A.M.K.E

Syyskuussa 2018 perustettiin Ateenassa OpenAIRE A.M.K.E, Kreikan lakien mukainen Non-Profit Partnership (NPP) organisaatio. Perustajina oli neljä organisaatiota: Ateenan yliopisto Kreikasta, Göttingenin yliopisto Saksasta, Minhon yliopisto Portugalista ja UNIT Norjasta. Debrecenissä järjestettiin organisaation ensimmäinen General Assembly, jossa Helsingin yliopisto ja toistakymmentä muuta OpenAIRE Advance partneria ilmoitti olevansa kiinnostunut liittymään organisaatioon. Liittymisprosessi on parhaillaan käynnissä.

Prodromos Tsiavos esittelee OpenAIRE Legal Entity:n hallintomallia. Kuva: Pauli Assinen

Eurooppalaiset avoimen tieteen palvelut ja infrastruktruurit esillä Open Science Fair –tapahtumassa

Stavros Niarchos -keskus (Kuva: Pauli Assinen)

Ateenan uusi kansalliskirjasto Stavros Niarchos –kulttuurikeskuksessa kokosi syyskuun alussa eurooppalaiset avoimen tieteen palveluiden ja infran kehittäjät ensimmäistä kertaa järjestettyyn Open Science Fair –tapahtumaan. Kokouksen järjestivät neljä avoimeen tieteen saralla toimivaa hanketta: OpenAIRE, OpenUP, OpenMinTeD ja Foster. Tavoitteena oli liittää yhteen periaatelinjaukset, infrastruktuurit, palvelut, työnkulut ja ihmiset. Kokouksen tärkein anti on tiivistetty lyhyeen videoon:

Yksi kokouksen key note –puhujista oli prof. Jeffrey Sachs, amerikkalainen taloustieteilijä, joka tunnetaan kestävän kehityksen uranuurtajana. Hän korosti, että kestävä kehitys on täysin saavutettavissa oleva tavoite, jonka saavuttamista avoin tiede ja tutkimusdatan avaaminen voivat omalta osaltaan vauhdittaa.

Jeffrey Sachs

Toinen pääpuhuja oli prof. John Ioannidis Stanfordin yliopistosta. Hän on tutkinut laajasti julkaistujen tutkimustulosten toistettavuutta, ja tulokset osoittavat, että hyvin harvat tutkimukset voidaan toistaa onnistuneesti. Jopa sellaisissa avoimissa lehdissä, jotka edellyttävät artikkelien taustalla olevan tutkimusdatan avointa saatavuutta, vain noin puolet tuloksista on mahdollista toistaa.

John Ioannidis

Avoimen tieteen alueella toimivien tutkimusinfrastruktuurien yhteistyötä pyritään jatkossa tiivistämään, erityisesti tutkimuksen pilvipalveluita kehittävän European Open Science Cloud –hankkeen (EOSC) myötä. Tästä asiasta järjestettiin oma sessiokin, jossa eurooppalaista verkkoinfraa kehittävä Géant, datakeskusten laskentapalveluita kehittävä EGI ja avoimen tieteen tuki- ja taustapalveluita tarjoava OpenAIRE keskustelivat asiakkaille suunnatuista palveluista ja niiden koordinoinnista. Lisää tämäntyyppistä yhteistyötä tullaan näkemään seuraavassa OpenAIRE Advance –nimellä kutsutussa projektivaiheessa, joka käynnistyy vuoden 2018 alussa.

Olennainen osa tapahtumaa olivat työpajat, joissa osallistujat saivat mahdollisuuden antaa oman panoksensa palvelujen ideointiin ja kehittämiseen. Työpajoissa käytettiin erilaisia menetelmiä, mukana oli muun muassa työpaja, jossa käytettiin draaman keinoja avoimen tieteen haasteiden tunnistamiseen.

Posterisessio

Postereita oli kahdeksantoista. Ne käsittelivät erilaisia avoimen tieteen web-palveluja ja avoimen julkaisemisen aiheita. Mildred meets ATTX -posterimme lisäksi tutkimusdata-asiat eivät olleet postereissa yhtä paljon esillä kuin avoin julkaiseminen.

Posterien abstraktit löytyvät täältä: http://opensciencefair.eu/posters.

Posterit oli sijoitettu pääkokoustilaan, jonka lasiseinien takana aukeni upea maisema Välimerelle ja ympäri Ateenaa. (Kuva: Pauli Assinen)
Posteri löytyy Zenodosta: https://doi.org/10.5281/zenodo.997982

Open Science Fair -tapahtumasta julkaistuja kirjoituksia:

Videotallenne Open Science Fair 2017 esityksistä

Open Science Fair 2017 in OpenAIRE Newsletter

Open Science Fair 2017 in FOSTER News

Mojca Kotar: Enabling openness, reproducibility and re-use of research: Open Science FAIR, Athens, 6-8 September 2017

Andrea Chiarelli: Open Science in the cradle of democracy

Kimmo Koskinen ja Pauli Assinen

Open Science Fair 2017 Ateenassa 6.-8.9.2017

Open Science Fair 2017 kokoaa avoimen tieteen parissa toimivat Ateenaan

Tapahtuman tavoitteena on edistää kestävää avointa tiedettä. Kohderyhminä ovat politiikkatason päätöksentekijät, rahoittajat, kustantajat, sisällön tuottajat, tutkimusinfrastruktuurit/yhteisöt, tutkijat, kirjastot, tutkimusorganisaatiot ja innovaattorit.

Kolmipäiväisen konferenssin aikana kuullaan asiantuntijaesityksiä ja käsitellään tieteen avoimuuden kysymyksiä ja haasteita ryhmätöissä, työpajoissa ja koulutussessioissa. Näyttääpä ohjelmassa ainakin alustavasti olevan datathonkin.

Tapahtuman järjestävät yhteistyönä neljä EU:n rahoittamaa konsortiota: OpenAIRE (www.openaire.eu), OpenUP (www.openup-h2020.eu), Foster (www.fosteropenscience.eu) ja OpenMinTeD (www.openminted.eu).

Lisätietoja

info@opensciencefair.eu

Ilmoitukset järjestäjien sivuilla

OpenAIRE: Announcing the Open Science Fair 2017 – 6-8 September, Athens

OpenUP: Announcing the Open Science Fair 2017

Open Science Fair 2017

Open Science Fair 2017-tapahtuman omat sivut (http://opensciencefair.eu/) ovat tätä kirjoitettaessa (9.5.2017) vielä keskeneräiset, mutta osoite kannattaa pistää muistiin ja seurata tapahtuman valmisteluja myös twitterissä #OSFair17