Author Archives: Elina Salmela

Sata äitilinjaa Suomesta rautakaudelta 1800-luvulle

Tänään perjantaina julkaistiin Suomen tähän asti mittavin muinais-DNA-tutkimus. Tutkimusta on ollut toteuttamassa Sugrige-projekti, jossa työskentelen, yhteistyössä saksalaisen Max Planck -instituutin kanssa. Tulokset paljastivat, että Suomen väestön geeneissä on tapahtunut varsin radikaalejakin muutoksia viimeisten runsaan tuhannen vuoden aikana: Etelä-Suomessa ovat rautakauden lopun jälkeen selvästi yleistyneet sellaiset geenimuodot, jotka on muualla Euroopassa liitetty maanviljelysväestön saapumiseen. Suomeen ne näyttävät tulevan ensimmäisenä Karjalan suunnasta. Tutkimus on kokonaisuudessaan vapaasti luettavissa Scientific Reports -lehdestä.

Lue lisää

Uusi muinais-DNA-tutkimus valottaa Viron pronssi- ja rautakautta

Vastikään julkaistussa tutkimuksessa onnistuttiin ensi kertaa eristämään DNA:ta Viron pronssi- ja rautakautisista sekä keskiaikaisista vainajista. Tulokset paljastivat, että Viron väestön geneettinen koostumus on vaihdellut selvästi aikakaudesta toiseen ja että alueelle on todennäköisesti saapunut väkeä vaiheittain sekä lännestä että idästä. Rautakauden itäinen muuttoliike voi liittyä suomensukuisten kielten saapumiseen Itämeren alueelle, tulkitsee tutkimuksen tehnyt virolainen tutkijaryhmä.

Lue lisää

Tieteilijän peruspäivä

Sosiaalisessa mediassa kulki meemi “kerro mitä teet työksesi, mutta kerro se huonosti”. Näin minä kerroin:

Muunnan taulukoita erilaisiin muotoihin että voin laittaa ne koneisiin jotka tekevät niistä toisenlaisia taulukoita. (Multa menee siihen usein 2-5 kertaa niin kauan aikaa kuin niiltä koneilta.) Sit piirrän kuvia niistä uusista ja vanhoista taulukoista ja yritän niistä päätellä, millainen maailma on, tai tietyt asiat ainakin; viime kädessä se kaikki liittyy seksiin. Sit kirjoitan ylös mitä tein ja näin ja ajattelin. Aina välillä joku haluaa myös kuulla livenä mitä ajattelin mun taulukoista, tai teeskentelee ainakin. Lisäksi luen mitä muut ihmiset on kirjoittaneet omista taulukoistaan ja siitä mitä ovat ajatelleet niistä tai jos ne ovat tehneet jonkun uuden koneen jolla voi tehdä erilaisia taulukoita tai samanlaisia erilailla. Sit aika usein pitää lakata kaikki muut hommat ja kirjoittaa selityksiä että miksi on tärkeää tehdä taulukoista kuvia ja taulukoita, että voisi saada lisää rahaa että voisi tehdä samaa vielä ensi vuonna. Nyt kun oon tehnyt tätä jo monta vuotta, saan myös neuvoa toisille mitä niitten pitäis tehdä niitten taulukoille. Silloin kun en ollut tehnyt tätä vielä kovin monta vuotta, enempi leikkasin koivunlehtiä kahtia ja hukutin myyriä siirappipurkkeihin ja sidoin perhosia langalla puuhun. Mut nykyään on lähinnä vaan näitä taulukoita, paitsi joskus laitan ihmisten luita matkalaukkuun ja vien ne lentokoneeseen turvatarkastuksen ohitse. Mulla on kiva työ!

Suomen ensimmäiset muinais-DNA-tulokset valottavat koillisen Euroopan geneettistä väestöhistoriaa

Suomen ensimmäinen muinais-DNA-tutkimus julkaistiin tänään tiistaina. Tutkimusta on ollut toteuttamassa mm. Sugrige-projekti, jossa työskentelen, yhteistyössä saksalaisen Max Planck -instituutin kanssa. Tulokset paljastivat, että Suomen väestössä on tapahtunut merkittävä geneettinen muutos rautakaudelta nykypäivään. Samalla kävi ilmi, että suomalaisista ennestään tunnettu itäinen geneettinen komponentti on saapunut Fennoskandian alueelle jo ainakin 3500 vuotta sitten.

Lue lisää

Kymmenen pientä tutkijaparkaa

Kymmenen pientä tutkijaparkaa
eli murheellinen tositarina useassa näytöksessä

Kymmenen pientä tutkijaparkaa urasta unelmoi.
Mutt’ yhden rahoitus loppui, vain yhdeksän jatkaa voi.

Yhdeksän pientä tutkijaparkaa tahtoi tiedettä tehdä vaan.
Kun YT:t yhdeltä laitoksen vei, joukko väheni kahdeksaan.

Heistä kahdeksas lähti ulkomaille, meilas sieltä: Tänne jään!
Ja niin on tutkijaparkain luku laskenut seitsemään.

Seitsemännelle tutkijaparalle urkeni ura uusi:
hän rupesi viulunsoittajaksi; oli parkoja enää kuusi!

Kuudes pieni tutkijaparka sai Kirjansa valmihiksi.
Hän vetäytyi syrjemmäs miettimään, jatkaako uraa – ja miksi?

Ja viides pieni tutkijaparka on muita neuvomaan ruvennut
apurahahakemusopastajana. Niin joukko neljään on huvennut.

Kun neljäs pieni tutkijaparka meni äitiyslomalle
eikä takaisin palannut siltä, jäi kolme vain uralle.

Kolmas pieni tutkijaparka päätti ruveta opettajaksi.
Hän vakiviran ja kesäloman sai – toisin kuin parat nuo kaksi…

Ne kaksi pientä tutkijaparkaa tunsi olonsa petetyksi.
Kun heistä toinen firmaan siirtyi, jäi jäljelle enää yksi.

Vaan yksi pieni tutkijaparka ei olekaan mieli maass’:
hän apurahan sai säätiöltä ja voi jatkaa vuoden taas!

 

Kiitos A., E., I., J., K., L., M., N., O., P., T. ja V.
Onnea S.!

Muinais-DNA-tutkimuksesta HS:n Kuukausiliitteessä

Tämänpäiväinen Hesarin Kuukausiliite esittelee tutkimusprojektiamme. Anu Nousiaisen kirjoittama feature-juttu on epätavallisehkosti verkossa myös ei-tilaajien saatavilla, ainakin toistaiseksi, joten sitä voi käydä lukemassa kuka vain: http://dynamic.hs.fi/2018/dna/.

Juttu seuraa arkeologiselta kaivaukselta Valkeakoskelta löytyneen hampaan matkaa Saksan muinais-DNA-laboratorioon ja kertoo samalla muinais-DNA-tutkimuksen uusimmista tuloksista – lähinnä Keski-Euroopasta, sillä Suomen-tulosten julkaisua vasta odotellaan (kuumeisesti!).

Itse en ollut jutussa mukana kuin taustahaastateltavana, mutta oli äärimmäisen mielenkiintoista päästä seuraamaan ison lehtijutun tekoprosessia niinkin läheltä. Ja lopputulos on melko magee! Tekninen härpäke, jolla jutun liikkuvat kuvat on toteutettu, valitettavasti tökkii ilmeisen alustariippuvaisesti.

Winter wonderland

Finland can be a pretty incredible place sometimes.

Today, the Helsinki region got heavy snowfall for 11 hours in a row, amounting to 30 cm (one foot) of new snow. With the gust of wind, that means snow approaching horizontally, reaching everywhere, and not staying put.

Buses, trams and trains were running, unless actually physically stuck in the snow. Kids went to school as usual. Teenagers didn’t care to zip their coats. I put on my winter rubber boots (thanks to Kevo for this delightful reunion!), shovelled the first 10 cm of snow off the front-yard walkway, went to work, bought myself warm lunch, concentrated on my science, and got back home. Warm, dry, and safe. No chaos. No disruption to a cosy urban lifestyle.

Finland, I love thee!

PS. Tomorrow, instead, no buses, trams or metros run. But that has nothing to do with snow – it’s because the government and trade unions disagree on whether unemployed people are merely lazy.

Do genes and languages correlate?

I was recently asked by a linguist person why is it that we geneticists assume that genes and languages of populations would directly correlate. The short answer is that we definitely don’t.

Apparently, the impression partly stemmed from some presentations in which geneticists had described their [Admixture] results in terms of a number of genetic components, one of which was often called ‘Uralic’.

I ended up answering the question at more length and detail in an email. In case the answer would be useful and of interest to someone else as well, here it is:

We know – from the linguists – that the Uralic languages have spread to their current geographic distribution (and beyond) from an earlier, smaller area. When and from where and under what circumstances are open questions at least to some degree, considering that many people seem to have strong opinions about them which are nowhere close to a consensus.

It is also clear that genes and language in general can go hand in hand, or they can be [almost] totally discoupled, or something in-between. As far as I know, there are even historically attested examples of arrival of an elite language leading to a language shift with little gene flow (and possibly variable amounts of substrate traces, but let’s not go into that here). On the other hand, in the absence of an elite status, small numbers of immigrants might not affect the language of a population (beyond a possible loanword layer), whereas simple simulations show that small – even unintuitively small – amounts of continuous gene flow from a neighboring population can alter a population’s genetic make-up radically.

With all this in mind, it is interesting to ask: What were the circumstances in the spreading process of the Uralic languages? To which degree was it a movement of people, and how much contact was there with the populations already inhabiting the area of expansion (and with subsequent geographic neighbors)? In terms of studying the genetics of extant populations, this would translate to: Do most of the Uralic-speaking populations share a genetic component that is absent from most other neighboring/worldwide populations? If such a component would exist, how common is it in each population, and which populations are an exception to the pattern (Uralics without or non-Uralics with the component, indicating possible language shifts)? What other genetic components do the Uralic populations have? And especially with the rapidly increasing spatiotemporal density of the ancient-DNA data, it might even be possible to spot such a shared component in high proportion in an ancient population, giving hints of when and where the Uralic language may have originated and what archaeological phenomena (NB. in plural) may its spread have been related to, if any. (Of course, bits and pieces of the story are already known from earlier genetic studies, and for the most recent events also from historical evidence, such as some of the slavicisation (russification) of formerly Uralic-speaking populations as well as some Siberian populations shifting into a Samoyed language (I believe), but the interest lies in both systematizing the big picture and teasing out information on the earlier events.)

There’s no a priori reason to assume that the dynamics of the Uralic language spread would have been the same across the whole area and during the last several millennia; different answers at different corners of the spread and for different pre-proto-etc. stages of the language could very well be possible. Specifically, there’s no reason to assume that the language and genes would have correlated through the whole process, i.e., that the spread of language would always have resulted in a total genetic replacement of the previous inhabitants and that no further contact (= gene flow) would have taken place across language-family borders. In fact, if we believed that to be the case, it would hardly be worthwhile to conduct the genetic studies in the first place, as we would already know the answer: the Uralic-speaking populations would only differ from each other by the amount of genetic drift since their split (which might of course be of interest as a proxy for the split times), and would not resemble their geographic neighbors more than any other non-Uralic populations (with the exception of the populations they descend from – oh, wouldn’t that be a beautiful way of studying the relatedness of language families beyond the resolution provided by linguistic data!).

That such a pattern is not what is seen in the genetic data must be crystal-clear for example from basically any genome-wide population structure study involving Uralic populations and their non-Uralic neighbors, I believe. Therefore, it is difficult for me to understand how geneticists could appear to favor an idea of direct correlation of genes and languages, as it would immediately lead to scenarios that are both absurd and obviously not true. Yes, we might talk about “Uralic genes” or a “Uralic component” of a population’s gene pool, and I naturally cannot vow for all my fellow geneticists, but I myself would use such expressions as a mere shorthand for something like “a genetic component shared more often by Uralic than non-Uralic populations, i.e., present in most Uralic and absent from most non-Uralic populations, and therefore possibly related to their shared history and process of spread (and thus interesting)”. It most definitely would not mean that every person in every Uralic population would [be expected to] show 100% of such component, nor that the component was always and only ever distributed along with the Uralic language.

I’m sorry for not seeing why it would be problematic to search for such components, or call them “Uralic”, beyond the general problematicness of sloppy definitions of shorthand terminology, of course. Obviously, other labels could work for the same purpose equally well – or better, if more properly defined.