Eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston (EBIO) vuoden 2016 toiminta oli tuloksellista, joskin opetus- ja tutkimusresurssien vähenemisen vuoksi ei täysin saavutettu edellisten vuosien tasoa. Yliopiston hallinnossa tehty merkittävä organisaatiouudistus ja henkilöstömäärän huomattava vähentäminen toivat sopeutumisvaikeuksia osaston toiminnalle. EBIO:n pitkäaikainen osastosihteeri, Ritva Katsuno, jäi eläkkeelle kahden muun sihteerin siirtyessä uuteen yliopistopalveluorganisaatioon. EBIO:n tutkimustoiminta jatkui kuitenkin aktiivisesti käytettävissä olevin resurssein tuottaen uusia merkittäviä tutkimustuloksia ja 108 vertaisarvioitua julkaisua, joista osa edustaa ehdotonta kansainvälistä huippua. Lisäksi osastolta julkaistiin 9 katsausartikkelia ja 7 konferenssijulkaisua sekä kaksi kirjaa. Osaston opettajat jatkoivat erittäin motivoituneesti opetusta ja uusien opetusmenetelmien kehittämistä. EBIO:ssa ohjattiin yhteensä 46 kandidaatin- ja 6 lisensiaatintutkielmaa, mutta väitöskirjoja valmistui edellistä vuotta huomattavasti vähemmän eli ainoastaan kolme. Lisäksi EBIO:n opettajat osaohjasivat kolme väitöskirjaa maatalous-metsätieteellisen sekä matemaattis-luonnontieteellisen tiedekunnan ja kliinisen hevos- ja pieneläinlääketieteen osaston tutkijoiden kanssa. Osastolla valmistui myös yksi tarttuvien eläintautien erikoistumistutkinto. Osaston kansainvälinen toiminta jatkui laajana ja monipuolisena. Sekä professori Olli Vapalahden että professori Hannes Lohen tutkimus ja asiantuntijuus saivat runsaasti medianäkyvyyttä.

Anatomia ja kehitysbiologia

Oppiaineen johtajan, professori Antti Iivanaisen, tutkimusryhmän vuosi oli aktiivinen ja menestyksekäs. Yliopistonlehtori Mikael Niku on selvittänyt Helsingin yliopiston kolmevuotisen tutkimusrahoituksen avulla sikiöaikaisen mikrobiston vaikutuksia immuunijärjestelmän kehittymiseen. Tohtorikoulutettava Mohammad Jaber Alipour liittyi tutkimusryhmään huhtikuussa. Yliopistonlehtori Juha Laakkonen jatkoi aktiivista tutkimustaan ja julkaisi useita vertaisarvioituja artikkeleita makroskooppisesta anatomiasta. Koirien luustosairauksien tutkimus jatkui läheisessä yhteistyössä kliininen opettaja Anu Lappalaisen sekä professori Hannes Lohen koiragenetiikkaryhmän kanssa. Oppiaineesta julkaistiin kuusi vertaisarvioitua alkuperäisartikkelia. Yliopistonlehtorit Tiina Pessa-Morikawa ja Mikael Niku ylläpitivät tiedekunnan vastuulla olevia tutkimuksen core-palveluita: virtaussytometria ja lasermikrodissektio.

Oppiaineen korkeatasoista opetustyötä siivittivät opettaja-akatemian jäsenet Niku ja Laakkonen. Opettaja-akatemiavaroja käytettiin leikkelysaliopetuksen tukimateriaalin valmistukseen sekä opetuksen digitalisoimishankkeisiin. Työssä oli keskeisesti mukana eläinlääketieteen opiskelija Sofia Kämäräinen. Laakkonen osallistui kansainvälisen opettamisen päivän järjestämiseen Helsingin yliopistolla sekä julkaisi pedagogisen artikkelin kansainvälisyyden tuomista haasteista eläinlääketieteen opetuksessa. Eläinlääketieteen opiskelijat palkitsivat hänet vuosijuhlassa Kannus-palkinnolla opiskelijoiden hyväksi tehdystä työstä. Iivanainen toimi eläinlääketieteellisen tiedekunnan kemian edustajana lääketieteellisten alojen valintakokeen kehittämistyöryhmässä lukuvuoden 2015–2016 ja aloitti vuoden 2017 alusta eläinlääketieteen kandiohjelman ohjausryhmän puheenjohtajana.

Juha Laakkonen opettaa, Matti Kivalo vasemmalla (kuva vuodelta 2013).

Kokenut ja erittäin pidetty anatomian yliopisto-opettaja Matti Kivalo eläköityi 1.10.2016. Anatomian ja Biokemian yhteinen laboratoriomestari Santeri Suokas jäi alkusyksystä kahden vuoden opintovapaalle ja hänen sijaisenaan 1.1.2017 aloitti Niina Siiskonen .

Biokemia ja solubiologia

Oppiaineen esimies professori Jyrki Kukkonen osallistui tutkimushankkeisiin, joiden pääkohteina olivat oreksiini ja oreksiinireseptorit ja niihin liittyvät patologiat. Yliopistonlehtori Marjo Salminen jatkoi aivojen kehittymiseen liittyvää tutkimustaan. Opetuksen saralla oppiaine osallistui mm. Viikin kampuksen biokemian alan yhteistyöprojektiin yhdessä kampuksen muiden tiedekuntien kanssa ja kehitti omaa opetustaan mm. käänteinen opetus -kokeilun muodossa. Oppiaine tuotti 10 julkaisua.

Fysiologia

Professori Tomi Tairan tutkimusryhmä on jatkanut menestyksellistä tutkimustoimintaansa neurofysiologian alalla. Ryhmä julkaisi viisi artikkelia keskeisimmältä tutkimusalueeltaan, aivojen glutamaattivälitteisen signaloinnin kehityksestä, lehdissä joiden impact factor-arvot ovat välillä 3-10, ja keskiarvo 7,5. Professori Taira jatkoi Scandinavian Physiological Societyn presidenttinä ja yhdistys myönsi hänelle 50 k€:n apurahan tukeakseen hänen merkittävää työtään fysiologian alan tutkimuksessa. Tairan ryhmä on viime vuosina panostanut huomattavasti sekä menetelmä- että analyysitasolla hermoverkkojen ja systeemitason mekanismien tutkimiseen, mikä on entisestään vahvistanut ryhmän tutkimustyön translationaalista näkökulmaa. Ryhmä vahvistui uudella post-doc-tutkijalla helmikuussa Ph.D. Wei-Chih Changin aloittaessa ryhmässä.

Chinese Association of Physiological Sciences kutsui Tairan asiantuntijaksi arvioimaan Pekingissä 25.–28.9.2016 järjestetyn International Conference of Physiological Sciences -tapahtuman tieteellistä tasoa ja järjestelyjä. Taira on järjestelytoimikunnan jäsenenä mukana järjestämässä IUPS:n (International Union of Physiological Societies) kokousta Rio de Janeirossa Brasiliassa 1.–5.8.2017 ja ensimmäistä kertaa pidettävää Europhysiology -kokousta Lontoossa 2018.

Tutkintorakenteen uudistamistyöhön Taira osallistuu sekä ELL-koulutusohjelman että fysiologian ja neurotieteen maisteriohjelman (bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta) johtoryhmien jäsenenä. Lisäksi Taira on toiminut johtoryhmän jäsenenä sekä Clinical Veterinary Medicine että Brain and Mind -tohtorikouluissa.

Toimiva elimistö -opettajien ryhmä anatomian, biokemian ja fysiologian oppiaineista kävi Uppsalan maatalousyliopistossa (SLU) maaliskuussa tutustumassa vastaaviin opintokokonaisuuksiin, niiden järjestelyihin, opetusmetodeihin ja muihin käytänteisiin, sekä tietenkin SLU:n uuteen hienoon opetus- ja tutkimusrakennukseen ja eläinsairaalaan. Yliopistonlehtori Elisabeth Persson oli järjestänyt hyvän ja tiiviin kahden päivän ohjelman, josta opettajamme saivat paljon ajattelemisen aihetta ja kehitysideoita. Osaa opitusta on jo sovellettukin toimiva elimistö -opetukseen.

Genetiikka

Professori Hannes Lohen johtama oppiaine jatkoi erinomaista työtään kaikkiaan 25 julkaistun tai julkaistavaksi lähetetyn tutkimusartikkelin ja viiden katsausartikkelin myötä.

Oppiaineen tutkimus kohdistuu perinnöllisten sairauksien genetiikkaan. Tutkimusryhmä kuvasi koirista kolme uutta, ihmisen harvinaissairauksiin liittyvää geenilöytöä: Raine-syndrooman, van den Ende Gupta -syndrooman sekä Caffeyn taudin. Muita merkittäviä havaintoja julkaistiin kissojen epidemiologisesta terveyskartoituksesta, koirien geneettisestä epidemiologiasta sekä koirien ahdistuneisuushäiriöiden yleisyyteen ja metaboliittiprofiileihin liittyvistä kartoituksista. Tärkeitä geenilöytöjä tehtiin myös dalmatiankoirien keuhkosairauteen ja rhodesiankoirien (= Rhodesian Ridgeback) myoklooniseen epilepsiaan liittyvissä osatutkimuksissa.

Oppiaineen yhteisohjauksessa kliinisen hevos- ja pieneläinlääketieteen osaston kanssa valmistui DVM Tarja Pääkkösen koirien epilepsiaa koskeva väitöskirjatyö. Lohen tutkimusryhmän julkaisuista heijastuu hyvin laaja yhteistyö sekä tiedekunnan eri osastojen välillä että eri yritysten kanssa, samoin kuin kansainvälinen aktiivisuus. Lohi isännöi ulkomaisia tutkijavierailuja mm. Englannista ja Yhdysvalloista.

Genetiikan oppiaine oli näkyvästi esillä keskeisissä medioissa kuten YLE:n TV-, radio- ja verkkokanavilla sekä Helsingin Sanomissa. Professori Lohi esitelmöi Helsingin yliopiston Studia Generalia -sarjassa.

Oppiaineen johtaja osallistui tiedekunnan järjestämälle kurssille ja suoritti opetuspedagogiikan viiden opintopisteen tutkinnon. Uusien opetusmenetelmien hyödyntäminen digialustoineen heijastuu tulevilla genetiikan kursseilla. Professori Lohi toimi myös vastaväittäjänä Oulun yliopistossa.

Tutkimusryhmä sai yhdessä Jane ja Aatos Erkon säätiöltä sekä kolmelta yhteistyöyritykseltä merkittävän neljävuotisen 2 M€ avustuksen koirien geenikartan tarkentamiseen ja aivosairauksien kartoittamiseen. Ryhmä sai lisäksi Yhdysvalloista n. 85 k€ apurahan koirien epilepsiatutkimukseen (Canine Health Foundation/ American Kennel Club) sekä 30 k€ apurahan kuurouteen (American Border Collie Association).

Mikrobiologia ja epidemiologia

Professori Airi Palvan johtaman oppiaineen eri tutkimusryhmien toiminta jatkui erinomaisesti tuottaen yhteensä 51 vertaisarvioitua kansainvälistä julkaisua ja viisi väitöskirjaa, joista omia oli kolme ja kaksi muihin tiedekuntiin osaohjattuja töitä.

Palvan ryhmässä yliopistotutkija, dosentti Ingemar von Ossowski sekä tohtorikoulutettavat Ravi Kant ja Xia Yu jatkoivat Suomen Akatemian rahoittamassa hankkeessa, joka kohdistuu autoktonisen, eläimillä ja ihmisillä yleisen Lactobacillus ruminis -suolistobakteerin genomiikkaan, fysiologisiin ja rakenteellisiin ominaisuuksiin sekä vuorovaikutukseen isäntäsolujen ja suolistopatogeenien kanssa.  Yliopistonlehtorit Silja Åvall-Jääskeläinen ja Joanna Koort sekä Ravi Kant tutkivat yhteistyössä Suvi Taposen kanssa mastiittiperäisiä koagulaasi-negatiivisia stafylokokkeja vertailevan genomiikan avulla. FT Ulla Hynönen aloitti tutkijana Jane ja Aatos Erkon säätiön rahoittamassa kolmivuotisessa suolistobakteeritutkimushankkeessa.

Tutkimushankkeiden loppuunsaattamiseksi muutama tutkija professori Willem de Vosin ja akatemiatutkija Reetta Satokarin tutkimusryhmistä jatkoi oppiaineessa alkuvuoden 2016. Reetta Satokarin ohjaama tohtoriopiskelija Jing Cheng väitteli joulukuussa. Palvan ja de Vosin yhteistyöhankkeesta valmistui viimeinen väitöskirjatyö tekijänään Pia Rasinkangas. Palva toimi myös Kari Kylä-Nikkilän (maatalous-metsätieteellinen tiedekunta) ja Inkeri Kontron (matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta) väitöskirjojen osaohjaajana.

Professori Olli Vapalahden zoonoosivirusten tutkimusryhmä julkaisi 25 vertaisarvioitua artikkelia mm. uusista ja uhkaavista virusinfektioista. Näistä tärkein oli New England Journal of Medicine -lehdessä keväällä julkaistu työ, jossa kuvattiin ensimmäistä kertaa maailmassa Zikaviruksen eristäminen sikiön aivoista ja löytyminen äidin verenkierrosta sikiön ollessa infektoitunut. Tutkimustuloksen perusteella Yhdysvaltain tartuntatautivirasto teki johtopäätöksen, että syy-yhteys Zikaviruksen ja mikrokefalian (sekä muiden aivovaurioiden) välillä on luotettavasti varmistettu, joten tutkijat voivat keskittyä etsimään tautimekanismeja, hoitoja ja kontrollia. Tutkimus avasi myös uuden diagnostisen mahdollisuuden seuloa raskaana olevia naisia Zikaviruksen aiheuttamien sikiövaurioiden varalta. Kyseessä on Essi Korhosen ja Suvi Kuivasen väitöskirjan osatyö. Tämän lisäksi Vapalahti tutkijoineen osoitti ensimmäisenä tutkimusryhmänä Zikaviruksen esiintyvän läntisellä Intian valtameren alueella ja löysi Zikaviruksen kasvua estäviä lääkkeitä. Uutena havaintona ryhmä kuvasi puutiaisaivokuumeen vakavamman siperialaisen alatyypin leviävän Kotkan saaristossa – ei kuitenkaan siperianpuutiaisessa, vaan Euroopassa tavallisessa Ixodes ricinus  –puutiaisessa.

Tutkimusryhmä on selvittänyt yhteistyössä patologian oppiaineen ja muiden yhteistyökumppanien kanssa uuden turkiseläinten vakavan FENP-taudin etiologiaa Heli Nordgrenin väitöskirjatyössä. Taudin aiheuttajaksi on varmistumassa Arcanobacterium phocae –bakteeri. Myös turkiseläinten ripulitautien etiologiaa ja ehkäisyä on tutkittu Kirsi Aaltosen ja Teemu Smuran projekteissa, ja turkiseläinten uusia infektiotauteja Tarja Sirosen johtamassa projektissa.  Uusien infektioiden osoittamisessa on hyödynnetty ryhmän syväsekvensointilaitteistoa.

Lääketieteellisessä tiedekunnassa ryhmältä valmistui kaksi väitöskirjaa. Satu Hepojoen väitöskirjatyössä kehitettiin professori Klaus Hedmanin johtamassa TEKES-projektissa uutta molekyylien lähietäisyydellä tapahtuvaan FRET-ilmiöön perustuvaa, vasta-aineiden pesuvapaata osoitusdiagnostiikkaa. Niina Putkurin väitöskirjatyössä löydettiin hyttysistä orthobunyaviruksia, joiden osoitettiin aiheuttavan Suomessa ihmisille sairaalahoitoa vaativia enkefaliitteja. Suomen Akatemian rahoittamassa Dengue-projektissa sekä mm. dosentti Tarja Sirosen lepakkoviruksiin liittyvässä tutkimusprojektissa on kerätty keväällä hyttys-, ihmis-, lepakko- ja jyrsijämateriaalia Helsingin yliopiston Taitan tutkimusasemalla ja tehty yhteistyötä Nairobin yliopiston kanssa.

Ryhmä on myös kehittänyt ebola- ja marburgvirusten diagnostiikkaa EU-IMI-kehitysprojektin rahoittamassa tutkimushankkeessa, sekä kartoittanut Suomen hyttyslajistoa dosentti Eili Huhtamon koordinoimassa projektissa, jota rahoittavat mm. Sigrid Juséliuksen säätiö ja ILS-tutkijakoulu. Ryhmä on etsimässä suomalaisista hyttyslajeista mahdollisia taudinaiheuttajia, mikä hanke liittyy osana entomologi Lorna Culverwellin väitöskirjatyöhön.

Professori Vapalahden tutkimushankkeiden yhteistyökumppaneina ovat olleet mm. Evira, Luke, THL, HUS, Turun yliopisto, Lontoon National History Museum sekä lukuisat muut yliopistot ja tutkimuslaitokset Yhdysvalloissa, Saksassa, Sveitsissä, Ruotsissa, Ranskassa ja Keniassa.

Eläintautivirologian professori Liisa Sihvosen tutkimusryhmä keskittyi rabies- ja kalavirustutkimukseen yhteistyössä Elintarviketurvallisuusvirasto Eviran tutkijoiden kanssa. ELL Satu Viljamaa-Dirksin rapuruttoa koskeva väitöskirja hyväksyttiin vuoden lopussa.

Ylipistonlehtori Anna-Maija Virtala teki yhteistyötä eri osastojen välillä erilaisissa tutkimusprojekteissa ja pedagogisessa tutkimuksessa. Hän on ollut yhtenä kirjoittajana neljässä tieteellisessä artikkelissa, joista kolmessa yhteistyössä muiden osastojen ja yhdessä professori Hannes Lohen tutkimusryhmän kanssa. Tämä Katariina Vapalahden kirjoittama yli 8000 suomalaisen kissan terveystietoja käsittelevä julkaisu on saanut paljon mielenkiintoa ulkomailla ja Suomessa mm. Helsingin Sanomien artikkelissa.

Mikrobiologian ja epidemiologian oppiaineen opetus sujui tänäkin vuonna mallikkaasti, ja saatu opiskelijapalaute oli edelleenkin erittäin hyvää. Oppiaineessa on jatkettu nettipohjaisten opetuspelien kehitystyötä. Yliopistonlehtorit Silja Åvall-Jääskeläinen ja Joanna Koort ovat jatkaneet bakteerien tunnistuspelin kehittämistä mm. uusia tapauksia laatimalla. Opiskelijat pääsivät myös pelaamaan bakteerien tunnistuspeliä ensimmäistä kertaa. Peliä kehitetään edelleen opiskelijapalautteen pohjalta. Yliopistonlehtori Anna-Maija Virtala jatkoi myös taudinpurkauspelien parissa: useita valmiita tapauksia on jo saatu opiskelijoille testattavaksi ja kehittelyasteella on useita uusia. Apuna tässä työssä on ollut tietojenkäsittelytieteen laitoksen opiskelija Eveliina Pakarinen. Opiskelijapalaute näistä nettipeleistä on ollut hyvää. Edellä mainittujen nettipohjaisten opetuspelien käytöstä opetuksessa tehdään myös pedagogista tutkimusta yhteistyössä eläinlääkäri Heli Koskisen kanssa.

Anna-Maija Virtala sai tänäkin vuonna apurahaa tiedekuntarajat ylittävän opetuksen järjestämiseen yhdessä Vesa Niskasen kanssa maatalousekonomian laitokselta. Kvantitatiivisen aineiston keräämistä ja käsittelyä koskevalle kurssikokonaisuudelle tuli osallistujia useista tiedekunnista.

Patologia ja parasitologia

Patologian ja parasitologian oppiaine järjesti vuonna 2015 eurooppalaisen eläinlääketieteellisen patologian kokouksen ja vuonna 2016 oli mukana järjestämässä isoa kansainvälistä parasitologian kokousta. Parasitologian opetuksesta vastaava yliopistonlehtori, dosentti Anu Näreaho ja oppiaineen esimies professori Antti Sukura toimivat EMOP XII – the 12th European Multicolloquium of Parasitology -kokouksen järjestelytoimikunnassa. Kokous toi Suomen Turkuun heinäkuussa 479 osallistujaa 53 maasta.

Toinen parasitologinen merkkitapaus oli huolellisen työn tuloksena aikaan saadun suomenkielisen koirien loisia käsittelevän tietokirjan julkaiseminen. Elinympäristönä koira – koiran loiset ja loissairaudet -kirjan ovat kirjoittaneet eläinlääkärit Seppo Saari, Anu Näreaho ja Sven Nikander. Kaikilla kirjoittajilla on vankka tausta parasitologian tutkimuksessa ja opetuksessa sekä loissairauksien diagnostiikassa. Kirjan teksti on kirjoitettu siten, että se sopii osin suurelle yleisölle, mutta toimii myös asiantuntijoiden käsikirjana. Teoksen kuvitus on erityisen runsas ja onnistunut.

 

Patologian tutkimustoiminta jatkui aktiivisena. Kasvainsolujen liikkumista tutkiva, akatemiatutkija Sari Tojkanderin johtama ryhmä vakiinnutti vuoden aikana toimintansa. Tojkanderin ryhmässä eläinlääkäri Vivi Deckwirth valmistelee koiran maitorauhaskasvaimiin keskittyvää väitöskirjaansa.

Tojkanderin ryhmä tutkii kasvaimen strooman vaikutusta kasvainsolujen invaasioon. Tutkimuksessa keskitytään erityisesti strooman mekaanisten ominaisuuksien sekä stromaalisten solujen rooliin invaasio-prosessissa. Työssä käytetään kasvainsolulinjojen lisäksi koiran spontaaneja maitorauhaskasvaimia.

ELL Heli Nordgren julkaisi vuoden aikana viimeiset osatyöt turkiseläinten FENP-tautia koskevaan väitöskirjaansa. Maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan emeritusprofessori Eero Puolanteen tutkimusryhmässä ELL Dipl ECVP Hanna-Kaisa Sihvo eteni menestyksellisesti broilereiden puurintatautia käsittelevässä väitöskirjatutkimuksessaan. ELL Sanna Malkamäki aloitti väitöstutkimuksensa zoonoottisesta Ekinokokki–loisesta. Patologian yhteistyötutkimus myös kliinisten ja molekyyligeneettisten tutkimusryhmien kanssa oli vilkasta. Professori Antti Sukura toimi vastaväittäjänä Kööpenhaminan yliopistossa esitetyssä tohtorinväitöksessä.

Tutkijoille patologian asiantuntemusta ja histoteknisiä palveluja tarjoava, tutkimuskoordinaattori Jere Lindénin vetämä FCLAP (Finnish Centre for Laboratory Animal Pathology) -palvelu jatkoi jo vakiintunutta toimintaansa. Vuoden lopulla etsittiin sopivaa yhteistyörakennetta, jonka avulla FCLAP tehostaa palvelutarjontaansa osana yhtä Helsinki Institute of Life Science -keskuksen koordinoimista yliopiston tutkimusinfrastruktuureista.

Kliinisen opettajan Pernilla Syrjän ja yliopistonlehtori Niina Airaksen koordinoimat patologian diagnostiikkapalvelut eläinsairaalalle, yliopiston ulkopuolisille klinikoille ja eläinten omistajille olivat kysyttyjä ja tekivät vuodesta osin kiireisen. Diagnostinen työ mahdollistaa myös uudet tieteelliset havainnot, työn yhteydessä mm. löydettiin hevospotilaasta uusi, mahdollisesti zoonoottinen virus.

 

Airi Palva
Eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston johtaja
Eläinlääketieteellinen tiedekunta
Helsingin yliopisto