Eläinlääketieteellisten biotieteiden osasto

Eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston (EBIO) toiminta jatkui edellisvuosien tapaan menestyksekkäänä myös 2017. Airi Palvan jäädessä eläkkeelle osastonjohtajana jatkoi Tomi Taira. Eläinlääketieteellisen mikrobiologian oppiaineen esimieheksi nimitettiin Palvan jälkeen Olli Vapalahti. Vuotta värittivät myös uusien toimintatapojen ja –palveluiden opettelu. Opintohallinnon keskittäminen pois tiedekunnasta palvelukeskukseen hankaloitti jossain määrin opetuksen suunnittelua ja opintosuoritusten rekisteröintiä, mutta pikkuhiljaa asiat alkoivat sujua myös tältä osin. EBIO:n vuoden 2017 keskeistä toimintaa ja tapahtumia kuvataan alla oppiaineittain.

Anatomia ja kehitysbiologia

Oppiaineen johtajan, professori Antti Iivanaisen, tutkimusryhmän vuosi on painottunut yliopistonlehtori Mikael Nikun johtamaan tutkimukseen sikiöaikaisen mikrobiston vaikutuksista immuunijärjestelmän kehittymiseen HY:n kolmivuotisen apurahan turvin. Kuluneen vuoden aikana kartoitettiin vastasyntyneiden ja nuorten vasikoiden suolistomikrobistoa. Tohtorikoulutettava Aleksi Husso liittyi tutkimusryhmään vuoden 2018 alussa Mohammad Jaber Alipourin siirryttyä muihin tehtäviin. Koiran luustosairauksien tutkimusyhteistyötä on jatkettu Hannes Lohen tutkimusryhmän kanssa. Yliopistonlehtorit Tiina Pessa-Morikawa ja Mikael Niku ylläpitivät tiedekunnan vastuulla olevia tutkimuksen core-palveluita, jotka liitettiin HiLife-organisaatioon: virtaussytometria ja lasermikrodissektio.

Oppiaineen opettajat ovat olleet aktiivisia opetuksen kehittämistyössä ja esittelivät opetushankkeitaan kansainvälisessä lääketieteen alojen opetuksen AMEE-kongressissa, joka pidettiin Helsingissä elokuussa. Eläinlääketieteen kandiohjelma sai ensimmäisten joukossa yliopiston digiloikkarahoituksen. Rahoituksella täydennetään digitaalisia oppimateriaaleja leikkelyharjoitusten ja itseopiskelun tueksi sekä kehitetään edelleen virtuaalimikroskopian käyttöä opetuksessa. Kuudennen vuoden opiskelijat valitsivat yliopistonlehtori Juha Laakkosen vuoden pedagogiksi. Antti Iivanainen on toiminut eläinlääketieteen kandiohjelman johtajana sekä valintakoetyössä tiedekunnan edustajana. Mikael Niku edusti Viikin kampusta Opettajien akatemian johtokunnassa.

Marja Peltola aloitti työnsä anatomian ja kehitysbiologian sekä biokemian ja solubiologian yhteisenä laboratoriomestarina kesäkuussa. Anatomialla hänen vastuullaan on histologian laboratorio. Laboratoriomestari Kirsi Lahti vastasi edellisvuotiseen tapaan oppiaineen tutkimuslaboratoriosta.

Biokemia ja solubiologia

Oppiaineen esimies professori Jyrki Kukkonen osallistui tutkimushankkeisiin liittyen oreksiiniin ja oreksiinireseptoreihin ja niihin liittyviin patologioihin. Kukkonen osallistui vuoden 2017 pääsykokeen valmisteluun, kääntämiseen ja korjaukseen. Syyslukukaudella Kukkonen oli opintovapaalla ja hänen opetustaan hoiti dosentti Pirjo Nikula-Ijäs.

Yliopistonlehtori Marjo Salminen jatkoi Gata-tekijöiden tutkimusta erityisesti aivojen kehityksen aikana yhteistyössä Juha Partasen (HY, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta) kanssa. Tähän tutkimukseen on saatu rahoitusta Sigrid Jusélius Säätiöltä. Yhdessä kansainvälisten yhteistyökumppaneiden kanssa selvitettiin Gata-tekijöiden vaikutusta myös muiden elinten kehitykseen.

Fysiologia

Professori Tomi Tairan tutkimusryhmä jatkoi menestyksellistä tutkimustoimintaansa neurofysiologian alalla. Ryhmä yhteistyökumppaneineen julkaisi viisi artikkelia tärkeimmältä tutkimusalueeltaan, aivojen glutamaattivälitteisen signaloinnin kehityksestä. Taira jatkoi Scandinavian Physiological Societyn presidenttinä, ja yhdistys myönsi hänelle 50 k€:n apurahan tukeakseen Tairan työtä fysiologian alan tutkimuksessa. Ryhmä on viime vuosina panostanut huomattavasti sekä menetelmä- että analyysitasolla hermoverkkojen ja systeemitason mekanismien tutkimiseen, mikä on entisestään vahvistanut ryhmän tutkimustyön translationaalista näkökulmaa. Uutena metodisena avauksena ryhmä aloitti yhteistyön hIPSC (human induced pluripotent stem cell) erilaistettujen neuroneiden käytöstä tutkimusmallina professori Timo Otonkosken sekä professori Henna Tyynismaan kanssa. Yliopistonlehtori Tiina Kukko-Lukjanov vastasi laboratoriomestari Kirsi Kolehmaisen kanssa organotyyppisten aivoleikkeiden sekä soluviljelmien sähköfysiologisista tutkimuksista ja tähän liittyvän laboratorioinfrastruktuurin ylläpidosta. Lisäksi heidän vastuullaan oli opetukseen liittyvät kurssityöt.

Ryhmä vahvistui uudella post-doc tutkijalla kun Ph.D. Svetlana Molchanova palasi ryhmään menestyksekkään post-doc kauden jälkeen Université Libre de Bruxellesistä.

ELK Tiina Kaarela sai Helsingin yliopiston tiedesäätiön nimikoidun neljävuotisen tohtoriohjelmapaikan ja aloitti väitöskirjatyön ryhmässä.

Tutkintorakenteen uudistamistyöhön Taira osallistuu sekä ELL-koulutusohjelman että Fysiologian ja neurotieteen maisteriohjelman (biotieteellinen tdk) johtoryhmien jäsenenä. Lisäksi Taira on toiminut johtoryhmän jäsenenä sekä Clinical Veterinary Medicine- että Brain and Mind-tohtorikouluissa.

Genetiikka

Professori Hannes Lohen johtama oppiaine jatkoi aktiivista tutkimustyötään noin 30 julkaistun tai julkaisuun lähetetyn tutkimusartikkelin sekä ”Kiehtovat-geenit”-kirjaan kirjoitettujen lukujen myötä. Edellisen vuosien mukaisesti oppiaineen julkaisut kuvaavat pääosin geenilöytöjä erilaisiin koirien perinnöllisiin sairauksiin. Merkittäviin löytöihin liittyvät koirien epilepsia diagnostiikkaan ja genetiikkaan liittyvät artikkelit sekä dalmatialaisten äkilliseen keuhkosairauteen sekä keskiaasianpaimenkoirien epidermolysis bulloosaan tehdyt geenilöydöt.

Tutkimusryhmän yhteistyö jatkui aktiivisena tiedekunnan eri osastojen, kansainvälisten ryhmien ja yritysten välillä. Genetiikan oppiaine oli näkyvästi esillä keskeisissä medioissa. Professori Lohi oli kutsuttuna puhujana syyskuussa Helsingissä järjestetyssä eläinneurologien (ECVN) konferenssissa ja Minneapoliksessa alan keskeisessä genetiikan kokouksessa. Professori Lohi valittiin HiLIFE Fellowksi Helsingin yliopistossa ja tutkimusryhmä onnistui saamaan myös muita kansainvälisiä tutkimusapurahoja. Genetiikan oppiaine on myös mukana tiedekunnan opetuksen digiloikassa ja genetiikan kurssilla kokeiltiin uusia digityökaluja sekä digitenttiä. Vuodelta 2018 on odotettavissa merkittäviä läpimurtoja jälleen mm. sydän-, hermosto-, hammas- ja silmäsairauksien sekä tautimetabolomiikan parissa. Tutkimusryhmä pilotoi myös koirien biopankin digitalisoimista yhteistyössä Petsofi-yhtiön kanssa. Merkittävä uusi hanke liittyy myös kissojen käyttäytymistutkimukseen. Odotettavissa on myös useita valmistuvia väitöskirjoja.

Mikrobiologia ja epidemiologia

Vuosi toi merkittäviä muutoksia mikrobioloigan ja epidemiologian yksikköön, kun sitä vuosia johtanut professori Airi Palva jäi eläkkeelle toukokuussa, ja toisaalta Eviran tutkimusjohtaja, eläintautivirologian professori Liisa Sihvonen jäi vuorostaan eläkkeelle joulukuussa. Molemmat jatkavat emeritoina tutkimusprojektejansa. Oppiaineen esimiehenä on Palvan jälkeen toiminut zoonoosivirologian professori Olli Vapalahti.

Palvan ryhmässä yliopistotutkija, dosentti Ingemar von Ossowski sekä tohtorikoulutettavat Ravi Kant ja Xia Yu jatkoivat Suomen Akatemian rahoittamassa hankkeessa, joka kohdistuu autoktonisen, eläimillä ja ihmisillä yleisen Lactobacillus ruminis -suolistobakteerin genomiikkaan, fysiologisiin ja rakenteellisiin ominaisuuksiin sekä vuorovaikutukseen isäntäsolujen ja suolistopatogeenien kanssa.  Yliopistonlehtorit Silja Åvall-Jääskeläinen ja Joanna Koort sekä Ravi Kant tutkivat yhteistyössä Suvi Taposen kanssa mastiittiperäisiä koagulaasi-negatiivisia stafylokokkeja vertailevan genomiikan avulla ja FT Ulla Hynönen on toiminut Jane ja Aatos Erkon säätiön rahoittamassa suolistobakteeritutkimushankkeessa. Ryhmän toiminta tuotti 6 vertaisarvioitua kansainvälistä julkaisua.

Eläintautivirologian professori Liisa Sihvosen tutkimusryhmä keskittyi rabies- ja kalavirustutkimukseen yhteistyössä Elintarviketurvallisuusvirasto Eviran tutkijoiden kanssa. ELL Tiina Nokireen väitöskirja ’European bat lyssavirus type 2 in Finland. Surveillance, evolutionary analysis, and prevention with vaccination’ hyväksyttiin marraskuussa. Liisa Sihvonen toimi EFSAn AHAW- tiedepaneelin (Panel on Animal Health and Welfare) jäsenenä Parmassa.

Professori Olli Vapalahden tutkimusryhmä julkaisi 16 vertaisarvioitua artikkelia mm. uusista ja uhkaavista virusinfektioista, kuten zikaviruksen soluvuorovaikutuksista. Loppusyksyllä lääketieteellisen tiedekunnan puolelta ryhmästä valmistuivat FM Essi Korhosen ja FM Suvi Kuivasen zika-virusta ja muita flavivirusinfektioita käsitelleet väitöskirjat, joissa kuvattiin mm. zikaviruksen ja mikrokefalian yhteyden varmistanut zikaviruksen eristys sikiön aivoista.

Tutkimusryhmä on myös selvittänyt yhteistyössä epidemiologian yliopistonlehtori Anna-Maija Virtalan ja patologian oppiaineen kanssa uuden turkiseläinten vakavan FENP-inektiotaudin etiologiaa ja epidemiologiaa marraskuussa valmistuneessa Heli Nordgrenin väitöskirjatyössä. Taudin aiheutajaksi selvinnyttä Arcanobacterium phocae –bakteeria ja turkiseläinten ripulitautien aiheuttajia ja ehkäisyä on tutkittu myös väitöskirjatutkija FM Kirsi Aaltosen projekteissa, ja näitä uusia, sekä turkiseläinten, että piennisäkkäiden virusinfekitoita dosentti Tarja Sirosen johtamissa projekteissa. Uusien virusten osoittamisessa on hyödynnetty ryhmän syväsekvensointilaitteistoa (Meilahdessa) – metagenomiikkaan ja bionformatiikkan perustuvaa detektiota ovat kehitääneet FT Teemu Smura ja ELK, FM Ilja Plyusnin.

Ryhmä on myös edelleen kartoittanut Suomen ja Kenian hyttyslajistoa ja on selvittämässä niiden kantamia viruksia dosentti Eili Huhtamon koordinoimassa projektissa, jota rahoittavat mm. Jane ja Aatos Erkon säätiö, sekä Sigrid Juséliuksen säätiö ja ILS-tutkijakoulu. Kenian arbovirustutkimusta varten on myös kerätty kuumeilevien kenialaispotilaiden näytteitä. Tutkimuksessa on hyödynnetty Helsingin yliopiston tutkimusasemaa Kenian Taita-vuoristossa. Essi Korhonen toimii tutkijatohtorina hyttysvälitteisiin viruksiin liittyvissä projekteissa. Tätä tutkimusta on tehty myös hyödyntäen Helsingin yliopiston tutkimusasemaa Kenian Taita-vuoristossa.

Lisäksi yksikössä aloitettiin (Koort, Åvall-Jääskeläinen ja Virtala) Capnocytophaga spp -bakteerin epidemiologinen ja molekyyliepidemiologinen tutkimusprojekti yhteistyössä THL:n kanssa. Yliopistonlehtori Sami Junnikkalan projektit ovat kohdistuneet mm. koirien ja hevosen puutiaisvälitteisiin infektioihin ja sikojen kolostrumin immunologiaan.

Mikrobiologian opetustoiminta ja uusien opetusmuotojen kehittäminen on ollut aktiivista. Koort, Åvall-Jääskeläinen ja Virtala osallistuivat Helsingin yliopiston kandiohjelmien digiloikkaprojektiin saaden rahoitusta bakteerien tunnistuspelin ja epidemiologian sähköisten laskuharjoitusten kehittämiseen.

Tarttuvien eläintautien erikoiseläinlääkäreitä (erikoistumisen koordinaattorina Virtala) valmistui kaksi, Satu Viljamaa-Dirks ja Thomas Grönthal, joista jälkimmäinen yhteistyössä Merja Rantalan kanssa. Virtala toimi ensimmäistä vuotta eläinlääketieteellisen epidemiologian opetuksen 3-vuotisena ulkopuolisena tarkastajana (subject extern examiner) Irlannin University College Dublinissa.

Patologian ja parasitologian

Professori Antti Sukuran johtamassa oppiaineessa työskentelee vakituisessa työsuhteessa hänen lisäkseen neljä eläinlääkäriä sekä vaihteleva määrä tohtoriopiskelijoita ja jatkokoulutettavia eläinlääkäreitä. Oppiaineessa toimii myös Suomen Akatemian rahoittamana akatemiatutkija Sari Tojkanderin johtama neljän hengen tutkimusryhmä. Edelleen oppiaineessa toimii tutkimuskoordinaattori Jere Lindénin johtamana tutkijoille patologian asiantuntemusta ja histoteknisiä palveluja tarjoava FCLAP (Finnish Centre for Laboratory Animal Pathology) –palvelu. Kudoslaboratoriossa ja avaussalissa työskentelee yhteensä viisi laboratoriomestaria ja bioanalyytikkoa.

Vuoden rutiinityössä yllätti diagnostisen työn kasvu, etenkin biopsianäytteitä lähetettiin oppianeeseen huomattavan paljon enemmän kuin edellisenä vuonna, ja tämä oli jo toinen biopsianäytteiden nopean kasvun vuosi. Lisääntynyt näytemäärä näkyi patologien työmäärän lisäksi myös histologian laboratoriossa.

Tutkijakoulutuksessa korjattiin satoa, ja vuoden lopussa päästiin juhlimaan ELL Heli Nordgrenin väitöskirjaa. Tutkimustoiminta oli tiivistä sekä patologiassa että parasitologiassa. Tutkimusyhteistyötä tehtiin mm. kliinisten oppiaineiden kanssa, professori Hannes Lohen geenitutkimusryhmän kanssa, Eviran ja Tampereen yliopiston tutkijaryhmien kanssa. Kansainvälisessä yhteistyössä syntyi julkaisu Puolalaisen Witold Stefanski Institute of Parasitology kanssa. Julkaisujen ohella tutkimustuloksia esiteltiin menestyksellä myös kansainvälisissä kokouksissa ja Europan eläinlääkäripatologien vuosikokouksessa kliininenopettaja Pernilla Syrjä voitti parhaan posterin palkinnon (ESVP-ESCVP-ESTP symposium Lyon, Ranska). Parasitologian saralla oppiaine järjesti väitöskirjaopiskelijoille suunnatun kurssin, ”Food and waterborne parasites – basics and current highlights”, jolla luennoi asiantuntijoita niin kotimaasta kuin ulkomailtakin.  Kurssi oli tutkijakoulun (YEB) rahoittama.

Vuoden aikana henkilökuntaa siirtyi uusiin tehtäviin mutta myös uusia kasvoja tuli. Eräs aikakausi päättyi, kun pitkäaikainen avaussalin laboratoriomestari ”Ipi” Ilpo Forsman pääsi viettämään täysin palvelleena eläkepäivään. Monet tiedekunnan työntekijät sekä entiset ja nykyiset opiskelijat ovat vuosien aikana saaneet apua Ipiltä. Ipin arkipäivää keventävä huumori muistetaan ja sitä kaivataan. Valmiiden eläinlääkäreiden Facebook-kysely tuotti runsaan ”Ipismi”-keräyksen, opiskelijoille ja patologian entisille työtekijöille mieleen jääneitä Ipin sutkauksia. Näistä kerätty kuvakirja oli yksi lahja, jolla Ipiä muistettiin eläkkeellejääntijuhlassa.

Ipin tehtäviä jatkaa laboratoriomestari Satu Leppänen, kudoslaboratorioon tulivat loppuvuodesta uusina voimina Sara Kotka ja Karoliina Saarinen.

Paton pikkujouluissa  laboratoriomestari Ariel Vazquez Bonachean opetti kuubalaisen salsan tanssimista ja vastavuoroisesti Arielille opetettiin suomalaista letkajenkkaa.

 

Tomi Taira
Eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston johtaja
Eläinlääketieteellinen tiedekunta
Helsingin yliopisto