Elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osasto

Vuosi 2021 oli toinen koronanpandemian varjostama vuosi, ja viimeistään vuosi 2021 konkretisoi etätyön hyödyt ja kurjat puolet. Näistä oivalluksista ja turhautumisistakin ammentamalla pohdimme paljon läsnätyön ja -opetuksen sekä yhteisten kohtaamisten merkitystä yliopistotyössä.

Tutkijoiden ja opettajien julkaisutoiminta oli vilkasta tuottaen 41 julkaisua. Elokuussa ELL Sofia Väärikkälä väitteli aiheesta “Strengthening the elements of official animal welfare control on Finnish cattle and pig farms”. Vaikka vuosi oli raskas, katsaus vuoteen osoittaa, että henkilöstömme on tehnyt erinomaista ja vaikuttavaa työtä. Vuoteen mahtui paljon onnistumisia ja uusia avauksia.

 

Elina Säde
osastonjohtaja

 

Toinen perättäinen koronavuosi kysyi voimia. Osaston kahvakuulatreenit jatkuivat rajoitusten sallimissa puitteissa.

Lihantarkastus ja teurastamohygienia

Koronapandemian vuoksi oppiaineen opetus järjestettiin pääasiassa etänä. Myös teurastamoharjoittelut suoritettiin enimmäkseen etäyhteyksin tai korvaavien tehtävien muodossa. Opetusmateriaalien ruotsintamisen suururakka eteni vuoden aikana huomattavasti, mutta myös sitoi opettajien työaikaa merkittävästi. Joulukuussa osasto onnitteli professori Maria Fredriksson-Ahomaata Suomen Valkoisen Ruusun I luokan ritarimerkin johdosta.

COST RIBMINS -hanke, jossa kehitetään lihantarkastusmenetelmiä ja lihan turvallisuuden hallintajärjestelmiä eteni koronapandemiasta huolimatta ja työryhmä (WG4), jossa Riikka Laukkanen-Ninios on mukana, julkaisi ensimmäisen artikkelinsa seitsemän Euroopan maan lihantarkastushylkäyssyiden merkittävistä eroista, jotka vaikeuttavat lihantarkastusmuutosten vertailua eri maiden välillä. Tutkimustulokset otettiin kiinnostuksella vastaan Ruokaviraston ja Elintarviketeollisuusliiton lihantarkastuksen yhteistyökokouksessa.

Elintarvikehygienia

Professori Johanna Björkrothin tutkimusryhmän kohokohdat liittyivät elintarvikkeiden mikrobiomien toimintaa tutkivan RNA-sekvensointimenetelmien kehittämiseen. Elintarvikkeiden mikrobiomien RNA-sekvenssien tulkinnalla ryhmä tähtää elintarvikkeiden pilaantumisen biomarkkerien tunnistamiseen ja pilaantumisen ehkäisyyn ruokaketjussa.

Professori Miia Lindströmin tutkimusryhmä jatkoi työtään valmisruokateollisuudessa turvallisuusriskejä aiheuttavien Clostridium botulinum ja Listeria monocytogenes -bakteerien parissa. C. botulinum -tutkimuksessa selvitettiin bakteerin toksiinituotannon ja itiöitymisen mekanismeja solutasolla ja populaatioissa, julkaistiin CRISPR/Cas-genomieditointiin perustuva työkalusetti, jonka avulla tuotettiin inaktiivista toksiinia tuottava turvallinen sijaiskanta laboratorio- ja muuhun testikäyttöön, ja selvitettiin kasvismakkaroihin liittyvää botulismiriskiä. Työtä tehtiin Euroopan tutkimusneuvoston (ERC) rahoituksen turvin sekä vuoden aikana käynnistyneissä Suomen Akatemian sekä Makeran ja elintarviketeollisuuden rahoittamissa tutkimushankkeissa. C. botulinum -laboratorio vastaa botulismidiagnostiikasta yhteistyössä Ruokaviraston ja THL:n kanssa, ja osallistui laajaan eurooppalaiseen botulismilaboratorioiden pätevyystestaukseen EuroBioTox-hankkeessa. L. monocytogeneksen genomiepidemiologiaan keskittyvässä työssä löydettiin uusia lateraalisesti siirtyviä stressinsietoelementtejä maitotiloilla esiintyvistä kannoista, ja selvitettiin bakteerin kiertokulkua luonnossa ja teollisuusympäristöissä. Tutkimusryhmän toimintaa johtivat tutkijatohtori François Douillard ja yliopistonlehtori Katja Selby Miia Lindströmin ollessa perhevapaalla.

Apulaisprofessori Annamari Heikinheimon Zanres-ryhmän työ keskittyi jäteveden, eläinten ja elintarvikkeiden resistenssiseurantaan liittyvään tutkimukseen. Tutkimusryhmässä aloitti ELL Viivi Heljanko ja postdoc-tutkija Ananda Tiwari. Tutkimusryhmä osallistui vuoden aikana Nordic Vets Against AMR-etäseminaarin järjestämiseen. Verkoston tarkoituksena on tehdä opetuksen, tutkimuksen ja viranomaistoiminnan saralla yhteistyötä antibioottiresistenssikysymysten parissa Pohjoismaissa ja Baltiassa. Zanres-ryhmän jäsenet osallistuivat aktiivisesti yhteiskunnalliseen keskusteluun antamalla haastatteluja ja vierailemalla podcast- ja tv-ohjelmissa. Tohtori Musafiri Karama Pretorian yliopistosta Etelä-Afrikasta vieraili osastolla professori Maria Fredriksson-Ahomaan ja apulaisprofessori Annamari Heikinheimon vieraana.

Ympäristöterveys

Professori Raimo Pohjanvirran kuluneen vuoden merkittävin tapaus oli Suomen Akatemiasta saatu rahoitus nelivuotiselle tutkimushankkeelle, jossa pyritään valaisemaan aryylihiilivetyreseptorin (AHR) roolia energia-aineenvaihdunnassa ja selvittämään se mekanismi, jolla AHR:n poistogeenisyys suojaa hiiriä dietääriseltä liikalihavuudelta. Syksyllä hankkeessa aloitti jo väitöskirjaan tähtäävän tutkimuksensa M.Sc. Avinash Bathina. Hankkeessa on mukana ulkomaisia yhteistyökumppaneita Virosta, Ruotsista ja Kanadasta.

Apulaisprofessori Tarja Pitkäsen Vesivälitteiset taudinaiheuttajat -tutkimusryhmän työ alkoi vuoden 2021 alussa Maaseuturahaston rahoittamassa RANTALAIDUN-hankkeessa keskittyen nautakarjan ja lampaiden suolistopatogeenien vesien virkistyskäytölle aiheuttamien terveysriskien arviointiin. Kesäkuussa 2021 Tarja Pitkäsen tutkimusryhmässä aloitti väitöskirjatutkija FM Annastiina Rytkönen, jonka toisena ohjaajana toimii dos. Rauni Kivistö. Joulukuussa 2021 järjestettiin uusi kurssi kryptosporidioista vesivälitteisten epidemioiden aiheuttajina FoodHealth-tutkijakoulussa.

Dos. Leena Maunulan vetämässä virusryhmässä tutkittiin virusten tuhoutumista elintarvikkeissa ja pinnoilla sekä esiintymistä tuotantoeläimissä. Väitöskirjatutkija ELL Emil Loikkanen tutki MMM:n rahoittamassa hankkeessa virusten, erityisesti hepatiitti E – viruksen, tuhoutumista makkaran valmistuksen aikana. Mallivirusta todettiin kestomakkarassa valmistuksen aikana useiden viikkojen ajan. ELTDK:n zoonoosivirusryhmän kanssa yhteistyössä opiskelija Aurora Diaz Perez osoitti SARS-CoV-2-viruksen genomia tilojen pinnoilta potilaan läheisyydestä osastolla, muttei henkilökunnan tiloista.

Ympäristöterveydenhuollon valvonta

Apulaisprofessori Janne Lundénin elintarvikevalvonnan tutkimusryhmän MMM:n rahoittama hanke toistuvasti elintarviketurvallisuutta vaarantavien toimijoiden valvonnasta alkoi 2021 alussa. Hankkeessa etsitään uusia keinoja toimijoiden oman riskinhallinnan tukemiseen ja tehokkaampia valvontakeinoja haastavien toimijoiden valvontaan. Hankkeen tutkijana on väitöskirjatutkija Katri Kiviniemi. Vuoden lopussa alkoi YK:n elintarvike- ja maatalousjärjestön FAO:n rahoittama lähes vuoden pituinen tutkimushanke elintarviketurvallisuusriskeistä ja hyvistä elintarviketurvallisuuskäytännöistä FAO:n jäsenmaissa. Hankkeen tuloksia tullaan hyödyntämään FAO:n jäsenmaiden elintarviketurvallisuusjärjestelmien kehittämisessä. Väitöskirjatutkija ELL Ilona Harju toimii hankkeen tutkijana. Janne Lundén toimi Ruokaketjun ja terveyden tohtoriohjelman varajohtajana. Jannen aisaparina oppiaineessa toimi ELL Noora Hinkka.