Helsingin yliopiston Pompeji-projekti tutkii yhtä pompejilaista kaupunkorttelia (lat. insula), IX 3, joka sijaitsee aivan antiikin ajan Pompejin maantieteellisessä sydämessa. Päätavoitteena on dokumentoida näkyvät rakenteet – seinät, lattiat, seinämaalaukset ym. – modernein arkeologisin menetelmin ja tämän työn kautta tutkia korttelin rakennus- ja käyttöhistoriaa. Dokumentoinnin lisäksi tehdään pieniä kaivauksia vuoden 79 jKr. lattiapintojen alapuolelle tavoitteena saada tietoa korttelin varhaisemmista vaiheista.
Pompejin historiassa alkoi 1990-luvulla uusi aikakausi. Sillooin päätettiin, että paikalliset museoviranomaiset antaisivat aiempaa helpommin tutkimuslupia ulkomaisille tutkimusinstituuteille, jos ne ottavat tutkittavakseen laajempia alueita yksittäisten talojen sijasta. Arkeologisten tutkimusten pääkohteeksi määriteltiin 1700- ja 1800-luvuilla kaivettujen alueiden uudelleentutkiminen. Näistä alueista monet ovat käytännössä julkaisemattomia ja vaarassa tuhoutua ilman kunnollista dokumentaatiota.
Jo varhaisessa vaiheessa suomalaisia tutkijoita kutsuttiin mukaan osallistumaan näihin tutkimuksiin, koska suomalaisilla on pitkä ja monipuolinen Pompejin tutkimuksen perinne. Monista syistä suomalaiset eivät kuitenkaan olleet ensimmäisten joukossa aloittamassa tutkimusprojektia, mutta 1998 järjestettiin Helsingissä Pompejin alueelta löytyneiden korujen näyttely. Sen yhteydessä kirjoitettiin myös Pompejia esittelevä kirja, Pompeji – Venuksen kaupunki. Positiivisten kokemusten tuloksena myös asenne tutkimusprojektiin alkoi muuttua. Keväällä 2001 Helsingin yliopiston Klassillisen filologian laitos järjesti Suomen Akatemian rahoittamana Pompejin tutkimusta koskevan seminaarin, jonka yhteydessä monia merkittäviä Pompeji-tutkijoita vieraili Suomessa. Näiden vierailujen yhteydessä projektin ensimmäistä vaihetta johtanut professori emeritus Paavo Castrén vakuuttui lopulta siitä että suomalainen tutkimushanke olisi mahdollinen. Suunnittelutyö aloitettiin syksyllä 2001, kun tutkimuskohteeksi valittiin monien muiden projektien tapaan yksi kaupunkikortteli.
Antonio Varone Pompejin museovirastosta oli yksi avainhenkilöistä kun Paavo Castrénia (oik.) taivuteltiin suostumaan projektin johtajaksi.
Projekti aloitettiin virallisesti vuonna 2002 ja ensimmäinen rahoitus saatiin Helsingin yliopiston tutkimusvaroista. Suomen Akatemia oli päärahoittajana vuosina 2004-2006. Toinen vaihe aloitettiin Suomen Kulttuurirahaston rahoituksella vuonna 2009 ja työtä jatkettiin ja se saatettiin päätökseen vuosina 2010-2012 Emil Aaltosen säätiön apurahalla.