Heikki Waris -instituutin toimintaa ohjaa Pääkaupunkiseudun sosiaalialan osaamiskeskus Soccan neuvottelukunta, johon kuuluvat edustajat

• pääkaupunkiseudun kunnista,
• Helsingin yliopistosta ja
• HUS:n perusterveydenhuollon yksiköstä.

Instituutin tieteellisestä tutkimuksesta, tutkimusperustaisen sosiaalityön asiantuntemuksen kehittämisestä sekä sosiaalityöntekijöiden käytännön opetuksesta vastaa Helsingin yliopiston valtiotieteellinen tiedekunta ja sosiaalityön käytäntötutkimuksen professori sekä yliopistonlehtorit.

Praksis-toiminnalla on oma ohjausrakenteensa.